关于程朱理学，后人一味的批判是十分不对的，因为其核心思想：“存天理灭人欲”的说法，是基于其背后的社会生产力、生产关系以及社会风气所提出的。
北宋和南宋时期，北宋王朝一开始就实行“不抑兼并”的政策，纵容大地主、大官僚以随意购买的方式兼并土地，把日益繁重赋税和徭役压倒农民的身上，农民在经济上均分财产的迫切要求，在理学家看来，是可怕的“人欲”，为了不让这种“人欲”横流，他们便针锋相对地提出了以论证“存天理，灭人欲”为目标的哲学理论。
同时，隋唐五代的长期分裂和混乱，使传统伦理道德规范遭到极大破坏，纲常松弛，道德式微，也就是道德沦丧。
在生存面前，所有的道德规范和体系都是不成立的，人吃人的现象一再出现，人，为了温饱是可以做出很多不符合道德和大义的事情的，但是王朝建立之后，势必要整理道德规范体系，将社会中的绝大部分人都纳入到道德规范之下让其遵守道德规范，有利于国家的大一统统治和政治，这也是为什么每个朝代初期都要提倡一次或者一个阶段的“道德品质”为重，因为要大一统，就不能有乱世或者乱象出现，不利于统治的所有乱象都要被打压下去。
北宋和南宋时期的初期，道德伦理丧失的情况，显然不利于大一统政治的稳定和巩固，因此，宋代统治者一开始就倡导尊儒读经，宋代的儒学复兴便由此而形成。“存天理,灭人欲”的提出，出于儒家学家革除时弊，拯救文化，整顿人心，重树人伦与儒家价值，重建儒学道德形上学的主观努力。
适应了唐末以来重建伦理纲常的需要。“存天理、灭人欲”是统治阶层的道德原则。北宋的统治阶级为了自己的长远利益而制定的道德规范，以便约束自己的内部的个别成员，使他们把行为限制在当时的道德规范所允许的范围之内。以达到思想禁锢的目的，有利于他们的统治。
而且，北宋南宋，王公贵族和富商等甚至是稍有钱财的平民百姓都大肆蓄养姬妾，政府对于各种青楼色情类的产业也是持支持态度，比如苏轼就蓄养过很多姬妾。整个社会的男女风气十分不正，甚至出现了“僧道蓄妓，尼姑为妾”的现象。
这种现象和统治者所提出的观念也有关系，北宋初年，太祖赵匡胤为了防止大将作乱，再次上演陈桥驿黄袍加身的戏码，演了一出“杯酒释兵权”，而且鼓励文物大臣：“多积金钱，厚自娱乐.多置歌儿舞女，日饮酒相欢以终其天年”。
此等从上而下的影响之下，北宋和南宋整理的男女风气十分混乱，不混乱也就不会出现《金瓶梅》这一类描述宋朝风物的小说了，当然，以宋朝为背景的《水浒传》之中，对于出轨男女和和尚道士蓄养甚至是占有女性的描述也是很多，这就是一个时代的烙印。所谓“脏唐乱宋”是有道理的。
在这种情况下，有志之士尤其是文人必须张载、程颢程颐比如朱熹、陆九渊等人提出各自的理论，才有了“存天理，灭人欲”的提法。
后世多对于这个提法有误解，认为是禁锢了女性，女性不得自由，但是他们当时的历史背景和社会背景之下，并不是禁锢女性自由，当时这些学者都没有禁止寡妇再嫁等情况，而是后世不断地用这个为女性自由来做对立面的辩护，导致几位学者的思想被扭曲理解，存天理，存的是自然之道，顺应天时地理，顺天应人，第一层天理是客观规律，人欲则是无视规律的任意妄为。
第二层是有意识地遵循客观规律，把生命之意义拓展于更广大时空，是为天理；欲望不受理性支配，为外物所牵役，把生命封闭于狭囿时空，是为人欲。人的欲望，这里讲的人欲是指不正当的欲望或者超出了道德范围标准的欲望，比如提倡不要蓄养如此多的姬妾。你可以简单的理解为不能够像《金瓶梅》里面描述的那样放纵欲望，这里的欲望不仅仅是指男女的欲望，更是指其他方面的欲望，比如权利比如势力比如钱财。
所以，“存天理 灭人欲”，顺应的是天道自然，灭的是五阴炽盛，这是提倡修身养性的箴言，也是从文化这个高屋建瓴的层面引导整体社会风气向正能量、洁身自好的方向引导，从沉沦和道德沦丧的层面上拯救世人，这一点是功德无量。
明朝时期，王阳明提出的“心即理”看似和朱熹提出的“万物皆有理”是矛盾的，其实是不矛盾的，因为人和人心也属于万物，知道这个理，不管是从自己的内心还是从外在的事物，都能够达到这个理的层面。
两人也不是一个唯心论一个唯物论。王阳明先生提出的理论也不是让人跟着自己的内心想做坏事就做坏事，而是约束自己的内心，探寻自己内心最深处的想法，致良知，心中的想法有好有坏，但是王阳明先生又提出“致良知”这个理论，就是对“心即理”的补充说明。
“此心光明、知行合一、克己复礼、良知即是道，道即是良知”，还有就是“无善无恶心之体，有善有恶意之动。知善知恶是良知，为善去恶是格物。”.
心是客观的，本身没有善恶偏颇；有意念所动，就会有善有恶，非善即恶，非恶即善；能够通过标准或者行动也就是教育实践判断善恶，知道什么才是良知，明确善恶的标准界限，懂得什么是善什么是恶，这是良知的层面；为善去恶，也就是致良知，判断善恶之后，向善而去掉恶的一面，即“格物”，而“格物”的涵义非常丰富，指人类各方面的活动，如果概括地说，就是探究事物客观属性，改造客观世界的过程，是人生实践的目的；而“为善去恶”就是人类改造客观世界的目的和标准，人类对自己、对他人、社会的一切活动都应以“为善去恶”为标准。真正将心里的道德发动出来，影响社会，而不是做一个冷漠的旁观者，要追求最好的自己，因为“圣人之道，吾性自足”。
所以，从这里就能看出来，王阳明先生和朱熹等人提倡的格物致知、存天理灭人欲等理论完全不相悖论，而是一种补充和发展，都是基于当时社会状况和背景提出的引导世人向道、向善、追求天理人心、顺应天时自然的学说。因为社会背景不同，人的行为和偏离“道、理、自然、道德”的角度不同，这就需要从不同角度创立学说或者说是理论，以引导人心重新归正，也就是归到大道、良知之善的大道上来。错综复杂的社会环境下，要秉承一颗充满善良的心，心中怀有良知与对天地、对人对事的敬畏，才能时刻自省，自成方圆。这就是历朝历代圣贤所创立学说或者说是将学说学以致用的原因所在，引导的范围也从高层逐渐往普通层级的人民大众层面转移。
如果能够结合时代的形式和社会的背景，明了目前的社会态势和人心向背情况，以创立适合广大人民的学说，引导人重归大道，势必，也会成为后代所尊重的圣贤。
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