美文网首页
把metadata里面的seurat_clusters改成cel

把metadata里面的seurat_clusters改成cel

作者: oceanandshore | 来源:发表于2023-06-24 01:33 被阅读0次

单细胞转录调控网络分析工具(TF,motifs)-SCENIC - 简书 (jianshu.com)

current.cluster.ids <- c(0:20)
new.cluster.ids <- c("Naive CD8+ ", 
                         "CD4 TCM", 
                         "CD8 TCM", 
                         "Naive CD4+", 
                         "NK", 
                         "CD8 TEM", 
                         "CD4 TEM", 
                         "Naive B cells", 
                         "CD4 CTL ", 
                         "Tregs", 
                         "Other T ", 
                         "γδ T ", 
                         "Unknown", 
                         "CD16 Mono", 
                         "Memory B ",
                         "MAIT", 
                         "CD14 Mono ", 
                         "Platelet ", 
                         "Dc", 
                         "Eryth", 
                         "Double-negative T ") 


scRNAsub@meta.data$celltype = plyr::mapvalues(x = scRNAsub@meta.data[,"seurat_clusters"], from = current.cluster.ids, to = new.cluster.ids)

上面这里是把把metadata里面的seurat_clusters改成celltype,如果想要增加一行,那就复制一个,代码在下面,然后再改名字。麻烦一些,但是能用

scRNAsub@meta.data$seurat_clusters =  scRNAsub@meta.data$celltype  

单细胞在Metadata中添加new column - 简书 (jianshu.com)

相关文章

网友评论

      本文标题:把metadata里面的seurat_clusters改成cel

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/itgvydtx.html