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Cell Hashing||单细胞多模态分析

Cell Hashing||单细胞多模态分析

作者: 周运来就是我 | 来源:发表于2019-10-04 09:31 被阅读0次

    Cell Hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics

    细胞哈希(Cell Hashing)是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多模态复用和超负载的方法,由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室(Seurat开发团队)合作开发。

    其实就是建立一个mRNA与细胞表面膜蛋白的一个索引或者字典。

    2017年7月31日,纽约基因组研究中心(NYGC)研究人员在《自然方法》发表论文称,研究开发了一种新型基因组工具CITE-seq,能帮助推动单细胞RNA测序的进程,深入解读单细胞的特性,有效区分不同的细胞类型,以及研究多种人类疾病的发病机制。

    CITE-seq(Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing)能够对数千个单细胞的表面蛋白标记物进行测定,同时对相同单细胞中的信使RNA进行测序。研究人员正在对该技术进行概念验证研究,他们结合转录组学技术,对8000个单细胞表面的10种表面蛋白进行了监测,这是目前为止对单细胞进行的最大规模的多维度分析。

    细胞散列使用一系列低标记抗体来对应广泛表达的表面蛋白,这些蛋白具有不同的条形码(barcode),从而对来自不同样本的细胞进行唯一的标记,这些细胞随后可以在一次scRNA-seq运行中富集。通过在细胞转录组旁边对这些标签进行测序,我们可以将每个细胞分配到它的起源样本,并从多个样本中地识别出膜蛋白的信息。

    Sample multiplexing schematic Sample super-loading schematic

    cell-hashing
    新型基因组工具CITE-seq实现单细胞大规模多维度分析
    Cell Hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics

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