美文网首页单细胞生信学习资源目录
【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

作者: TOP生物信息 | 来源:发表于2022-05-31 09:08 被阅读0次

    分析

    单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

    单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵

    单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分

    单细胞分析实录(4): doublet检测

    单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

    单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据

    单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

    SingleR如何使用自定义的参考集

    单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形(一)

    单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形(二)

    单细胞分析实录(10): 消除细胞周期的影响

    单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

    单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞

    单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化

    单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

    单细胞分析实录(15): 基于monocle2的拟时序分析

    单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性

    单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

    单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

    单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

    【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂,并画热图

    【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有

    高级绘图

    01.marker展示_聚类和热图组合

    02.marker展示_堆叠小提琴图

    03.两组比较_差异基因数目展示

    04.两组比较_差异基因展示

    B站视频教程

    【B站首秀】Seurat标准流程

    中国的"NCBI"

    SingleR如何使用自定义的参考集

    单细胞转录组绘图视频教程(B站收藏量破千,观看量近万)

    跟着Cell Research学单细胞分析:箱型图、小提琴图、误差棒,总有一款适合你

    跟着Cell Research学单细胞分析:以小提琴图、热图为例

    单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

    【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有

    文献解读

    文献(1): Cell_早期复发肝细胞癌的单细胞图谱

    文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】

    文献(3): IF=13|单细胞测序揭示泛-神经母细胞瘤特征

    文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱

    文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

    文献(6): 原发性肝癌空间结构综合分析

    文献(7): 在非小细胞肺癌中,浆细胞signature可用于PD-L1免疫治疗的响应预测

    杂说

    什么是轨迹推断 / 拟时序分析

    答读者问(1):非模式物种找marker;如何根据marker定义细胞类型

    答读者问(2):细胞cluster没有聚在一起;去不去批次效应

    答读者问(4):inferCNV的几个问题

    答读者问(5):提取monocle2的拟时序/坐标重新画图

    Cerebro:一个好用的单细胞数据展示shiny工具

    你会怎样总结你的2021年?

    他山之石

    免疫学基础——人类免疫细胞及其marker

    一文解决单细胞亚群注释的所有问题

    Tutorial | 单细胞转录组数据【细胞注释指南】

    GRNdb:单细胞水平的基因调控网络数据库

    2022NAR数据库特刊:单细胞数据库合辑

    单细胞数据库:好用不踩坑的单细胞数据库合集

    Nature子刊 | 适用于生物学研究人员的机器学习指南(上)

    Nature子刊 | 适用于生物学研究人员的机器学习指南(下)

    未完待续...

    相关文章

      网友评论

        本文标题:【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ygxzprtx.html