dash_bio（1）安装 + AlignmentChart

简介

Dash Bio 是一个用于在Python中构建生物信息学和药物开发应用程序的开源工具包。许多Dash Bio 组件都建立在 JavaScript 库之上，这些库在生物信息学应用程序开发人员中已经很流行。
Plotly 团队对这些JavaScript 小部件进行了重新设计，以便 python 开发人员可以访问它们。

安装

win + R, cmd

pip install dash_bio #这里我安装的版本为 0.4.8

功能1. alignment

import dash
import dash_bio
import dash_html_components #.Div用于包裹元素

style = ["https://codepen.io/chriddyp/pen/bWLwgP.css"]
app = dash.Dash(__name__, external_stylesheets = style)
data = open("KSSK.fasta", "r").read()
app.layout = dash_html_components.Div([
    dash_bio.AlignmentChart(id = "my_alignemnt",
                            data = data),
    dash_html_components.Div(id = 'alignment-Viewer-output')
    ])

@app.callback(
    dash.dependencies.Output('alignment-Viewer-output', 'asd'),
    [dash.dependencies.Input('my_alignemnt', 'dsa')])


def update_output(value):
    if value is None:
        return 'No data.'
    return str(value)

if __name__ == '__main__':
    app.run_server()

结果展示

Dash.png

一些修饰

1. Color Scales

dash_bio.AlignmentChart(id = "my_alignemnt",
                            data = data,
                            colorscale = 'buried', # 包括：buried、cinema、clustal、clustal2、helix、hydrophobicity、lesk、mae、nucleotide、purine、strand、taylor、turn、zappo
                            conservationcolorscale = 'rgb' ) #包括：hex、rgb、rgba

2. Show or Hide Barplots

dash_bio.AlignmentChart(id = "my_alignemnt",
                            data = data,
                            showconservation = False,
                            showgap = False)

3. Tile Size (调整每个细胞的宽度)

dash_bio.AlignmentChart(id = "my_alignemnt",
                            data = data,
                            tilewidth = 50)

4. Consensus Sequence (是否展示最后一行consensus)

dash_bio.AlignmentChart(id = "my_alignemnt",
                            data = data,
                            showconsensus = False)

5. 更详细的解释

help(dash_bio.AlignmentChart)