简直就是一个历史遗留问题
GATK 2015年不支持 CSI bam index
GATK 2018 年不支持CSI bam index
GATK 4.0 依然不支持CSI bam index
sort bam 步骤报错：
[E::hts_idx_push] Region 538655237..538655267 cannot be stored in a bai index. Try using a csi index with min_shift = 14, n_lvls >= 6
samtools index: failed to create index for "xxxxxx.bam": Numerical result out of range
GATK 步骤 报错信息：
#因为我用sambamba做了排序,所以没有到上一步sort bam 步骤报错
htsjdk.samtools.SAMException: Unexpected number of metadata chunks 3
问题的开始
htsjdk.samtools.SAMException: Unexpected number of metadata chunks 3
这里是其他软件调用samtools 报错
bai 对于contig长度限制
Question: samtools 1.0 'index' : CSI index vs BAI index ?
image.png
最终方案
Make bam index for long chromosomes
Samtools+bcftools Call SNP
2015年 不支持，之后2018年还是不支持
how to let GATK support Coordinate Sorted Index (CSI) format of bam file
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