1）

将 s556_sfsgdfshg_1.clean.fq.gz 改为 s556_sfsgdfshg_R1.fq.gz
将 s556_sfsgdfshg_2.clean.fq.gz 改为 s556_sfsgdfshg_R2.fq.gz

for i in *1.clean.fq.gz;do mv $i ${i%%_1.*}"_R1.fq.gz";done
for i in *2.clean.fq.gz;do mv $i ${i%%_2.*}"_R2.fq.gz";done

注释：

%号截取，删除右边字符，保留左边字符（最右边开始找到第一个开始）
%% 号截取，删除右边字符，保留左边字符（最左边开始找到第一个开始）

2）

将 xxx.latest.fa.fai 修改为reference.fa.fai
将 xxx.latest.fa.bwt 修改为reference.fa.bwt

for i in xxx.latest.*;do mv $i "reference"${i#*latest};done

注释：使用#截取latest以后的内容，保留右边的字符