美文网首页
sed将多行fasta变为一行

sed将多行fasta变为一行

作者: 气旋_c8b6 | 来源:发表于2019-08-26 20:05 被阅读0次

需要处理的fasta文件:

>sp|P30443|1A01_HUMAN HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain OS=Homo sapiens OX=9606 GN=HLA-A PE=1 SV=1
MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
DSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQ
IMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQR
RVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEL
SSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSL
TACKV

目标是把序列变为一行,并且第一行只保留ID

 sed '1d' 1A01_HUMAN.fasta | sed ':a;N;s/\n//g;ta' | sed '1i >1A01_HUMAN '

先把第一行删除,将剩下内容的换行符全部删除,最后把第一行内容补上,
添加的内容也可以为变量

 sed '1d' 1A01_HUMAN.fasta | sed ':a;N;s/\n//g;ta' | sed '1i >'"$id"' '

输出:

>1A01_HUMAN                                                                                                                                                                           
MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRV
YLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACK
V   

相关文章

  • sed将多行fasta变为一行

    需要处理的fasta文件: 目标是把序列变为一行,并且第一行只保留ID 先把第一行删除,将剩下内容的换行符全部删除...

  • 将某一多行的fasta文件转换为单行的fasta文件

    处理数据的时候经常遇到将多行fasta转换为单行,或者将很多行fasta串联起来合并为一行,下面是一些方法。 1、...

  • sed命令

    sed命令 对比用paste和tr命令将fastq文件转换为fasta文件 paste sed命令 sed用法

  • 【Sublime的一些使用技巧】

    1.Sublime将多行合并为一行 如图,我们想把多行的词按逗号分隔变为一行,先在图1 Ctrl+A 全选文本,再...

  • Linux 命令 | sed fasta文件

    本文参考用sed处理FASTA序列中的特殊符号,使用,fasta[https://www.pythonf.cn/r...

  • sed的使用

    sed的使用注意 sed操作的是文件内容的拷贝,而不是文件本身,就是将一行一行的文件内容读到sed的模式空间,在这...

  • sed-字符替换插入

    指定行的上一行或下一行插入一行或多行 sed -i 's/指定的字符/i\需插入行的内容/' 文件名称 指...

  • 10.29 linux对文本进行批量修改命令

    1、sed删除文本中\ sed 's/\\//g' atkup.fasta 需要两个\\ 2、一)通过vi编辑器来...

  • sed插入和附加新行

    sed可以在文本的某一行前或者后插入一行或者多行文本。这涉及到insert和append两个命令。 插入(inse...

  • sed

    sed命令: 1.在指定行前插入一行 sed '2 ittt' -i a.txt # 在第2行前插入ttt,并且将...

网友评论

      本文标题:sed将多行fasta变为一行

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/jdzdectx.html