其实，在读书的时候就知道基迪奥这家公司了，主要还是因为他们出的书。
2019年在简书追更seurat，monocle等单细胞教程时，有位简有私信问：可否把学习笔记放到基迪奥论坛，在论坛写东西还送书。考虑到当时在某禾工作，不便为竞品公司写教程，就回复说：不在论坛写作，可以从简书转载。基迪奥学习论坛，我是经常作为游客去看看的，有不少有意思得讨论。
2020年上半年做单细胞数据分析公益培训时，有一次讲《细胞类型鉴定》刚好和他们的同名课程时间重叠了，当时还和朋友调侃：长江南北两位周老师同时开讲《唐伯虎点秋香》。
细胞类型存在于红盖头之下，这红盖头就是一个个cluster，我们的工作就是利用身材，声音等（基因表达），凭借我们对秋香的情愫（生物学背景），把她识别出来。
2020年9月搬家，翻出四本之前买的基迪奥书，写下读基迪奥生物NGS科服生信系列教程，分享到基迪奥QQ群，被周老师发现，然后送我一本当时还没开售的【单细胞测序完全解析】。
我这是三刷了。
一千个读者一千个哈姆雷特，每个人都按自己的路径了解单细胞数据分析，读基迪奥的书其中是一种。记得早些年做单细胞是靠看文献跑教程来的，什么叫降维，什么叫聚类，什么叫拟时序，什么是空间转录组，概念比较离散。后来做培训，写流程可以把这些概念穿在一起整体交付了，但还是有些不足，比如单细胞实验这一块。
基迪奥单细胞书再一次让我们整体观澜单细胞，这个果壳中的宇宙。作为一本书肯定要比某篇教程来的丰富，书中从单细胞转录组，免疫组库，到ATAC，空间转录组解释了相应的拟解决生物学问题，实验方法，数据分析经验，经典案例。可以说涵盖了目前市面上主流的单细胞产品线，而且还带着周老师一线的热乎的分析经验。
还拿我们熟悉的数据分析中的细胞类型鉴定来说吧，书中把细胞类型分为：已知细胞类型，中间态和未知细胞类型。这一区分对我们的数据分析是有指导意义的，首先，告诉我们可以先定义什么后定义什么；其次，在每一次分群时想着这三种可能性；然后，对新的细胞类型保留敬意，相信通过不断的分分合合，那个人总会在转角处出现。
经典案例一直是我比较喜欢的章节，就像高考前会熟悉的题型，有了分析的模板，大的框架就不会有问题了。所以关于转录组，atac，空转的案例是有必要总结学习的，这属于大题题型啊。现在有人给你做了一些解读，节省大半翻译的时间不是？印象比较深的是【乳腺肿瘤微环境的免疫图谱研究】，这可以说也是单细胞转录组和免疫组库联合分析的一个题型。在解释肿瘤细胞异质性的时候加入免疫图谱，可以进一步分析免疫细胞的响应。这也是个信号，单细胞数据分析日渐进入scRNA+ 时代。你像ATAC和空转，一般的题型里面都是和scRNA结合在一起的。
书中关于单细胞样本的讲解可以当做一个小册子，不管自己做不做实验，有了这些背景知识，总是离生物学又进一步。在分析时遇到困惑，很可能需要这个背景知识。任何一个数据科学都离不开数据采集过程，单细胞眼样本制备就是数据采集的过程，少了它就像少了一只脚走路。
书中是给我们的教程留有板面的，介绍了单细胞常用的seurat，monocle的标准步骤。可以说，为一个刚入门单细胞数据科学的朋友提供了最少必要知识。真正的教程不需要发散太多，有必不可少的那几步就行了，师傅领进门修行靠自己。
最后，这本书可以作为一个笔记本，在今后一段时间里，读到单细胞相关的知识点，可以记在相应的地方。很多从公众号，文献中分散的想法或思路，记录下来，这样在需要看哪一块的时候，翻翻就可以了。有时真的会有物外之喜呢。
基迪奥单细胞书虽不算案前必备工具书，可读完之后，再看看自己的单细胞课题，又有了许多新的可能。唐伯虎看秋香又多了一个角度，一个层次，一种新意。
啥，你还没有开启单细胞项目？上车呀，快！
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