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---------ubuntu下lammps的安装----------

1、前提条件

2、安装需要的三个软件

      2-1 安装fftw（快速傅里叶计算软件）

      2-2 安装mpich（并行计算）

      2-3 安装lammps

3、配置环境

---------ubuntu下lammps的安装----------

1、前提条件

1-1 笔者所用操作系统为Ubuntu18.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。

sudo apt-getinstall gcc

sudo apt-getinstall g++

sudo apt-getinstall gfortran

sudo apt-getinstall make

注意： 如果ubuntu的apt-get无法正常使用请  sudo apt-get update

1-2 准备安装包

fftw-3.3.8.tar.gz  FFTW Download Page

lammps-stable.tar.gz  (解压后为lammps-22Aug18)  Download LAMMPS

mpich-3.2.1.tar.gz  Downloads | MPICH

准备工作：在 /home/xukang/ 文件夹下建立文件夹/lammps，将相应安装包分别解压这个文件夹中.

创建fftw3和mpich3文件夹用来安装

接下来就是安装fftw和mpich。

2、安装需要的三个软件

2-1 安装fftw

输入指令：

$ cd ~/lammps/fftw-3.3.8

$ sudo ./configure--prefix=/home/xukang/lammps/fftw--enbale-shared=yes 

（#安装命令./configure --prefix=fftw安装路径 --enable-shared=yes

#注意：--enable-shared=yes 这个配置非常重要，将fftw设置为动态库，会生成 .so 文件。）

$ sudo make

$ make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，

通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，（暂时不用修改路径）

FFT_INC =         -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include

FFT_PATH =      -L/usr/local/lib

FFT_LIB =          -lfftw3

2-2 安装mpich

输入指令：

1.cd   home/xukang/lammps/mpich-3.2.1

2.sudo   ./configure--prefix=/home/xukang/lammps/mpich

3.sudo   make

4.sudo   make   install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，

通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。（暂时不用修改路径）

MPI_INC=         -DMPICH_SKIP_MPICXX-DOMPI_SKIP_MPICXX=1-I/usr/local/include

MPI_PATH=      -L/usr/local/lib

MPI_LIB=          -lmpi-lmpl-lpthread

2-3 安装lammps

1、串行的安装

$ cd      ~/lammps/lammps-22Aug18/src/STUBS，（串行安装需要在STUBS先make，并行不需要）

$ sudo  make

$ cd      ~/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE

该文件夹包括Makefile.mpi、Makefile.serial两个编译文件。

Makefile.serial用来串行，Makefile.mpi用来并行

打开Makefile.serial文件，配置fftw的路径即可

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，

通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，

FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include

FFT_PATH =      -L/usr/local/lib

FFT_LIB =        -lfftw3

但这里要将/usr/local/改成你的fftw所安装的路径，如

FFT_INC =       -DFFT_FFTW3 -I/<fftw的安装路径>/include

FFT_PATH =      -L/<fftw的安装路径>/lib

2、并行的安装

打开Makefile.mpi文件，配置mpich和fftw的路径

首先将下面部分注释掉。

LMP_INC =  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行斜线部分删除）

还要需要修改mpich和fftw的路径文件，

fftw与串行一样

mpich与串行类似

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，

通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

MPI_INC=        -DMPICH_SKIP_MPICXX-DOMPI_SKIP_MPICXX=1-I/usr/local/include

MPI_PATH=     -L/usr/local/lib

MPI_LIB=         -lmpi-lmpl-lpthread

但这里要将/usr/local/改成你的mpich所在路径

修改完成后保存就行。

3、接下来编译 LAMMPS 的库文件,我这里根据我自己的需求,选择编译了部分库 文件

lib目录下

输入指令：

$  cd        meam

$  sudo    make -f Makefile.gfortran

$ cd         poems

$ sudo     make -f Makefile.g++

$ cd         reax

$ sudo     make -f Makefile.gfortran

LAMMPS 是通过各个模块来实现分子动力学模拟里面不同的功能的,但每 一个具体的任务并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我们可以选择安 装一些常用的模块,等遇到特别的需求时再来安装额外的模块。每一个模 块实现的具体功能,也通过查阅 LAMMPS 使用手册来获知。

在 src 目录下运行make yes-all（一般不用，电脑容易崩溃）

这个命令告诉电脑,我要准备安装所有的模块了,然后再用排除法,告诉电 脑,哪些模块是不要安装的,比如我一般用不到 user-atc 模块,那么就make no-user-atc。我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi, user-qmmm, gpu, user-cuda, 当然,

我用不到不代表你们用不到,要根据实际情况来判断。

src目录下

$ cd    lammps/lammps-22Aug18/src/

$make  package-status

$make   yes-meam

$make   yes-poems

$make   yes-reax

4、接着make生成lmp_mpi和lmp_serial的文件

$  sudo  make  mpi 

$  sudo  make  serial

成功的话会生成lmp_mpi和lmp_serial的文件。

5、测试一下

到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夹中

串行

$ /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_serial <in.min

（可以发现，如果没有设置环境变量，每次运行需要指定lmp_serial的路径，非常麻烦，可见设置环境变量的作用）

并行

$/usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi < in.min

3、配置环境

此外我们可以设置环境变量，简化命令。

$ vi .bashrc   （不行的话为vi. ~/.bashrc）

在最后一行加入

export PATH="$PATH:/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src:/home/xukang/lammps/mpich3/bin:/home/xukang/lammps/fftw/bin"

exportLD_LIBRARY_PATH=/home/xukang/lammps/fftw/lib:/home/xukang/lammps/mpich/lib:/home/**(用户名)/lammps/lammps-22Aug18/src:$LD_LIBRARY_PATH

（#格式为export PATH="$PATH:/lmp_serial或者lmp_mpi所在的路径/"）

$ source .bashrc 使得环境生效

再次测试一下

到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夹中

串行

$ lmp_serial <in.min      (这就很方便简洁了)

然而并行出错了

/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi:errorwhileloading shared libraries:libmpi.so.12:cannotopensharedobjectfile:No such fileordirectory

输入ldd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi

发现libmpi.so.12 => not found

应该是libmpi.so.12不在你的LD_LIBRARY_PATH路径下

作者：xukang919

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来源：简书

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