PCA图

作者: 陈宇乔 | 来源:发表于2019-09-29 15:11 被阅读0次

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# choose_gene=head(rownames(nrDEG),1000) ## 50 maybe better
# choose_matrix=exprSet[choose_gene,]
choose_matrix<- exprSet
choose_matrix[1:4,1:4]
choose_matrix=t(scale(t(log2(choose_matrix+1)))) 


library(ggfortify)
df=as.data.frame(t(choose_matrix))
df$group=group_list
png('pca.png',res=120)
p=autoplot(prcomp( df[,1:(ncol(df)-1)] ), data=df,colour = 'group')+theme_bw()
print(p)
dev.off()

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