计算线粒体基因UMI count百分比

作者: 佳名 | 来源:发表于2021-09-08 17:49 被阅读0次

计算线粒体基因UMI count百分比
Warning: Feature names cannot ha
03.单细胞数据质控及降维标准流程
Seurat 计算线粒体基因比例时，基因非MT-开头
单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因
单细胞转录组数据如何处理线粒体基因
日更-《东西方文化与文明溯源》06
动物线粒体基因组注释软件MITOS2安装与使用
清除单细胞数据细胞周期效应造成的影响
用组装出来的线粒体序列call SNP

matrix<-as.matrix(pbmc@assays[["RNA"]]@counts)
MT_Gene<-matrix[grep("MT-", row.names(matrix),ignore.case = T),]
MT_Gene[,1:4]
nrow(MT_Gene)
MT_Gene<-matrix[grep("Mt", row.names(matrix),ignore.case = T),]
MT_Gene<-matrix[grep("mt", row.names(matrix),ignore.case = T),]

计算线粒体基因UMI count百分比
Warning: Feature names cannot ha
这个warning要注意，计算线粒体百分比可能出错。下滑线和短横线有区别！
03.单细胞数据质控及降维标准流程
背景知识：线粒体基因表达比例：线粒体基因参与细胞凋亡的启动，因此垂死细胞会体现出线粒体基因表达比例的上升。在我们...
Seurat 计算线粒体基因比例时，基因非MT-开头
Seurat可以利用PercentageFeatureSet计算线粒体基因比例并添加到meta.data，但是我们...
单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因
什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类...
单细胞转录组数据如何处理线粒体基因
什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类...
日更-《东西方文化与文明溯源》06
线粒体夏娃学说首先，什么是线粒体？真核细胞结构，它的细胞质里有一个细胞器叫线粒体。线粒体里含有一组基因--脱氧核...
动物线粒体基因组注释软件MITOS2安装与使用
MITOS2可用于注释后生动物以及真菌等线粒体基因组注释，主要注释线粒体18个核心基因（atp6 atp8 atp...
清除单细胞数据细胞周期效应造成的影响
unwanted sources of variation: 1.线粒体基因的干扰2.细胞周期基因的干扰 seur...
用组装出来的线粒体序列call SNP
想用线粒体基因组建一个树，看一下系统发生关系。一个思路是从文献中看到的，将线粒体序列的13个蛋白编码基因分别先m...