2016年山东、北京、江苏等地高校首次实行综合评价招生，自主招生和综合评价招生都是在高考改革的大背景下创新的录取方式，打破了高考成绩定终生的局面，使一些有特长，综合素质高的学生脱颖而出，同时高校也体现出各自的办学特色，优势学科，提高办学能力，增强竞争力。
自主招生和综合评价仍然存在区别，主要有以下几点：
第一定位不同
自主招生定位很明确，高校的招生简章对招生学生的能力和奖项都有明确的规定，尤其是对各类奖项证书的偏爱，目的就是招收有专业特长和创新潜质的学生，就是给有学科特长的“偏才怪才”一个进入高水平大学的通道。
综合评价定位于全面发展、综合素质高的优秀学生,实行学科成绩，高考成绩以及面试三位一体的综合考量，例如
中国石油大学（华东）：综合评价成绩＝X×60%＋Y×30%＋Z×10%
其中，X代表高考成绩（含省认定的加分），Y代表校考成绩（满分值为750分），Z代表高中学业水平考试成绩（满分值750分）。对于高中学业水平考试各科成绩全为A者，Z值以750分计。
第二社会实践要求不同
高校的自主招生简章中并没有明确提出参加社会实践的具体时间，仅仅是要求提供参加社会实践的照片，或者参加社会活动网站链接。
综合评价简章中明确规定了高中三年参加不少于10个工作日的社区服务和1周社会实践，并完成15学分的研究性学习任务。
第三批次安排不同
自主招生一般在一批中填报，或者单独设自主招生批次。
综合评价一般在提前批，按照学生成绩从高到低排序录取，对未能满足专业志愿但服从专业调剂的学生，将调剂到综合评价招生专业范围内的其他专业。
第四招生范围不同
自主招生高校面向全国招生，只有13所高校进行本省招生。
综合评价目前除了清华，北大，中科大、北外等，只面向本省招生。
第五高校性质不同
实行自主招生高校都是211工程以上高校
实行综合评价不仅有985,211工程高校，也包含本地一般本科高校，如山东科技大学。
第六降分幅度不同
通过高考自主招生笔试和面试之后，可以得到相应的高考降分政策，一般通过考试后招生学校会与其签订招生考试合同，签订合同后，一般可享受降低10分至几十分录取的优惠政策，另外还有专业选择方面的优惠。
综合评价没有降分录取优惠，只是综合会考，高考成绩，面试成绩，从高到低排序录取。
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