单细胞免疫组学分析练习-1:cellranger multi
单细胞免疫组学分析练习-2.1:immunarch_1

6.Clonotype tracking

Clonotype tracking is popular approach to monitor changes in frequency of clonotypes of interest in vaccination and cancer immunology. For example, a researcher can track a clonotype of across different time points in pre- and post-vaccination repertoires. Or analyse growth of malignant clonotypes in tumor sample.

这个方法听定义感觉在肿瘤免疫学挺有用的，比如我们发现在肿瘤患者中有一群新抗原特异性的T细胞，那么我们可否利用这个方法去溯洄追踪在正常状态下是否存在这一群细胞？随着疾病治疗反应，这一群细胞又发生了什么变化呢？感觉会是比较有意思的一个点。

克隆追踪常用桑基图
桑基图重点看：

• 线条的走向
• 粗细的变化
• 节点间的比较

克隆追踪的方法

1. 追踪最丰富的克隆
2. 用特定的核苷酸或氨基酸序列追踪克隆
3. 利用特定序列和基因片段追踪克隆

举个🌰（具体操作见参考资料）

target <- c("CASSLEETQYF", "CASSDSSGGANEQFF", "CASSDSSGSTDTQYF", "CASSLAGGYNEQFF", "CASSDSAGGTDTQYF", "CASSLDSYEQYF", "CASSSAGGYNEQFF")
tc <- trackClonotypes(immdata$data, target, .col = "aa")
p <- vis(tc) + scale_fill_brewer(palette = "RdBu")
p

这图真好看啊，如果时不同时间点的样本，或者治疗前后的样本，那真的是绝了

7.Clonotype annotation

我们之前用了很多方法进行clonotype的数量分析，那么这些Clonotype的生物学意义是什么呢？此时我们就需要比对数据库，进行克隆注释了。

主要参考的教程还是周运来大佬的笔记

在大佬的示范里，可以找到靶向CMV的TCR序列以及对应的抗原表位，但对于肿瘤免疫，这种方法的应用可能还存疑

8. K-mer和motif分析

依然是看周运来大佬的笔记，这里主要是记录一下自己的想法

关于k-mer的解释

看了看，感觉没太看明白意义，估计自己也用不到

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immunarch的学习就到这里结束了
感觉immunarch更多是对TCR\BCR数据丰度等基本情况的一个描述，并未将其与单细胞转录组数据进行整合，感觉只能作为入门感受一下TCR结果结构的作用。