1.针对大基因组，缺乏高效、轻便的甲基化差异分析工具
methylKit（超内存，只能跑同数量较少的CG类型差异分析，手动设置步长，非自主确定DMR区间）
DSS（超内存，最垃圾，拆分成单条染色体跑差异分析都崩，截取500kb，可以跑通，证明脚本没问题）
HOME（最快，偶尔超内存，但是只能鉴定DMR，不能鉴定DMC）
BatMeth2（慢，单线程，对CHH差异甲基化分析会超内存跑崩，但是可以通过拆分染色体解决，不影响最终鉴定结果）
2.各软件差异鉴定结果差异巨大（基于以上四个软件）
1.针对大基因组，缺乏高效、轻便的甲基化差异分析工具
methylKit（超内存，只能跑同数量较少的CG类型差异分析，手动设置步长，非自主确定DMR区间）
DSS（超内存，最垃圾，拆分成单条染色体跑差异分析都崩，截取500kb，可以跑通，证明脚本没问题）
HOME（最快，偶尔超内存，但是只能鉴定DMR，不能鉴定DMC）
BatMeth2（慢，单线程，对CHH差异甲基化分析会超内存跑崩，但是可以通过拆分染色体解决，不影响最终鉴定结果）
2.各软件差异鉴定结果差异巨大（基于以上四个软件）
本文标题：2022-06-10关于大基因组（> 3G）WGBS测序鉴定DM
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