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差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较

差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较

作者: 大大的世界和小小的人儿 | 来源:发表于2021-09-21 17:37 被阅读0次

    前言

    首先,对3个R包进行简单介绍。
    methylkit:用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外,也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。
    DSS:该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计,依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (BS-seq) 差异甲基化的功能。DSS 的核心是一个基于分层贝叶斯模型的程序,用于估计和缩小基因或 CpG 位点特异性分散,然后进行 Wald 检验以检测差异表达/甲基化。
    dmrseq:这个包建立在bsseq包的基础上,bsseq包提供了亚硫酸氢盐测序数据的有效存储和操作以及对差异甲基化cpg的推断。dmrseq的主要目的是检测差异甲基化区域或CpGs。

    功能比较

    功能 methylkit DSS dmrseq
    生物学重复 不需要 不需要 需要
    筛选DML/DMR fisher精确回归/逻辑回归 wald检验 GLS回归模型
    DML ×
    DMR
    注释 × ×
    可视化

    methylkit没有生物学重复时使用fisher精确回归,有生物学重复时使用逻辑回归。
    methylkit的可视化比较丰富且好看,其他两个的可视化不多还不好看。

    注释

    3款R包的差异甲基化区域的筛选结果都可用于后续注释,注释一般用chipseerker包或者genomation包。methylkit注释用的是genomation包。
    比较推荐chipseerker包,注释结果的输出和可视化都很好,但是无法对cpg岛进行注释。genomation包可注释cpg岛。

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