python和fortran的接口

作者: 西风酹江月 | 来源:发表于2017-07-31 20:33 被阅读155次

    由于历史缘故,很多成熟的计算代码都是用fortran写成的。在python中调用fortran代码,要用到f2py这个程序。现在该项目已经合并到numpy中了,先安装python再装好numpy,就可以使用f2py。

    一个简单的例子:


    foo.f90

    subroutine hello (a)
      integer a
      write(*,*)'Hello from Fortran90!!!', a 
    end subroutine hello
    

    用终端编译:

    f2py -m foo -c foo.f90 
    

    在python控制台中运行:

    $ python
    >>> import foo
    >>> foo.hello(15)
     Hello from Fortran90!!!     15
    

    明确定义接口的参数:


    另外一个例子,非常明确地定义了接口的输入、输出参数:

    !SUBROUTINE        
          SUBROUTINE ADDSUB(A,B,C,D)  
          IMPLICIT NONE  
          DOUBLE PRECISION A,B,C,D  
    !f2py intent(in) :: A,B  
    !f2py intent(out) :: C,D  
          C = A + B  
          D = A - B  
          print*, "ADDSUB From Fortran!"  
          print*, "ADD=",C  
          print*, "SUB=",D  
          RETURN  
          END  
    

    注意这两行的代码:

    !f2py intent(in) :: A,B  
    !f2py intent(out) :: C,D  
    

    对于Fortran只是注释,但对于f2py却很重要,相当于"签名".
    注意签名的注释前面不能有空格!
    当然也可以写成如下的形式:

    Cf2py intent(in) :: A,B  
    Cf2py intent(out) :: C,D  
    

    下面开始编译Fortran代码为python模块,打开CMD窗口,输入如下命令:

    f2py -m testfortran -c testfortran.f90  
    

    会在当前目录下生成testfortran.pyd的文件. 下面就可以再python中使用这个模块了:

    In [1]: import testfortran  
    In [2]: print testfortran.__doc__  
    This module 'testfortran' is auto-generated with f2py (version:2).  
    Functions:  
      c,d = addsub(a,b)   
    In [3]: x=testfortran.addsub(4,9)  
    ADDSUB From Fortran!  
    ADD= 13.000  
    SUB= -5.000  
    In [4]: x  
    Out[4]: (13.0, -5.0)
    

    接口参数是数组:


    接口参数是数组的情况比较复杂。需要Python中必须确定数组的维数,并且NumPy定义的数组存储方式必须是Fortran的按列存储。
    实现方式:
    在Python中使用NumPy定义Fortran方式存储的二维数组,利用ndpointer定义数组类型和维数,用ctypes模块调用其data属性将数组首地址传入将二维数组的首地址和维数信息传入Fortran中进行计算并返回。
    fortran代码:py2f90.f90

    module py2f90
    use,intrinsic::iso_c_binding
    implicit none
    contains
        subroutine transferMat2For(matrix,n1,n2)bind(c,name='array2py')
        implicit none
        integer(c_int),intent(in),value::n1,n2
        real(c_float),intent(out)::matrix(n1,n2)
        integer::i,j
        ! initialize matrix
        matrix = 0.0E0
        ! loop
        do i=1,n1
            do j=1,n2
                matrix(i,j) = real(i,4)*1.E1+real(j,4)*2.E0
                write(*,"('Row:',i4,1x,'Col:',i4,1x,'Value:',1x,F5.2)")i,j,matrix(i,j)
            enddo
        enddo
        return
        end subroutine
    end module
    

    test_mat.f90:

    program test
    use py2f90
    implicit none
    real(kind=4)::aa(4,5)
    call transferMat2For(aa,4,5)
    end program
    

    python调用代码:test_mat.py

    #! /usr/bin/env python
    #coding=utf-8
    import numpy as np
    from numpy.ctypeslib import load_library,ndpointer
    from ctypes import c_int
    # shape of 2d array
    n1,n2 = 2, 5
    # create an empty 2d array
    data = np.empty(shape=(n1,n2),dtype='f4',order='f')
    flib = load_library("test_mat","./")
    flib.argtypes = [ndpointer(dtype='f4',ndim=2),c_int,c_int]
    flib.array2py(data.ctypes.data,n1,n2)
    print("*"*80)
    print(data)
    

    终端编译指令:

    f2py -m test_mat -c test_mat.f90 py2f90.f90
    

    在终端输入:python test_mat.py,得到:

    image.png

    参考:
    f2py::演示在python中如何使用Fortran代码
    Python调用C/Fortran混合的动态链接库-下篇
    原来Numpy的array可以很方便地和ctypes结合起来使用

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