【R语言】超几何分布-富集分析-富集度计算

• 使用R语言的包计算超几何分布下的富集程度及Pvalue

参照其他博主的 内容，超几何分布是一种非常常见的分布，常用来表示在N个物品中有指定商品M个，不放回抽取n个，抽中指定商品的个数，即X~H(N,n,M)，则抽中k件M商品的概率为：

N为（1）全部样本的数量，（2）全部基因的数量

M为全部样本中，通路基因的数量

n为（1）抽取样本的数量，（2）在富集分析中为差异基因的数量

k为抽取样本中，通路基因的数量

对应到R语言的代码里面就是：

library(dplyr)

phyper(,,,) #富集度

pvalue=1-phyper(k,# 差异基因中，位于通路中基因数量

n, # 差异基因的数量

N-n, # 全部基因的数量 - 差异数量

M)  # 全部基因中，位于通路中基因数量

说到这个程度还算不对？那我也没啥办法了