像Excel一样使用Python(二)

作者: 最会设计的科研狗 | 来源:发表于2017-05-14 22:04 被阅读69次

    像excel一样使用python,上一期介绍了生成、查看、替换等功能,这一期介绍数据预处理,包括数据表合并、排序、分组等。

    1.合并

    Excel里智能复制粘贴来合并表格,或者通过VLOOKUP函数分步实现。python中,可以直接使用merge函数来合并两个表,可选参数较多,这里只介绍最常用的几个参数:

    df1.merge(df2,how='inner',on=None,left_on=None,right_on=None)

    或:pandas.merge(df1,df2,how='inner'…)

    将df1与df2合并,how为合并方式,有“inner、outer、left、right”4种选择,分别为“求交集、并集、固定左边、固定右边”。On代表用于连接的键名,如果两表合并对象的列名不同,使用left_on=None, right_on=None来分别指定。在默认情况下,merge会自动以重叠的列名按inner的方式合并。

    importpandasaspd

    frompandasimportDataFrame,Series

    df1=DataFrame({'gene':['arx1','arx2','arx3','arx4'],

    'size':[411,530,289,450]})

    df2=DataFrame([['arx2','kana-A'],['arx3','kana-B'],

    ['arx4','pdm-V'],['arx5','pdm-V1']],

    columns=['gene','homo'])

    df_inner=pd.merge(df1,df2,how='inner',on='gene')

    printdf_inner

    输出:

    gene size   homo

    0  arx2  530  kana-A

    1  arx3  289  kana-B

    2  arx4  450   pdm-V

    2.排序

    在excel中,使用数据-排序可以对数据表直接进行排序。

    数据-排序

    在python中,可以使用sort_values和sort_index函数进行排序。

    printdf1.sort_values(by=['size'])

    输出:

    gene  size

    2  arx3   289

    0  arx1   411

    3  arx4   450

    1  arx2   530

    而sort_index可以按索引进行排序。

    df_inner.set_index('size')

    #将size列作为索引df_inner.sort_index()

    #使用索引进行排序

    3.分组

    在excel中,使用“公式-插入函数-LOOKUP-选择分组列与分组条件”进行分组。

    公式-插入函数-LOOKUP-分组

    在python中,使用where函数对值进行判断。

    df1['group']=np.where(df1['size'] >300,'long','short')

    printdf1

    输出:

    gene  size  group

    0  arx1   411   long

    1  arx2   530   long

    2  arx3   289  short

    3  arx4   450   long

    4.分列

    即将一列按固定规则分为多列。在excel中,可使用“数据-分列”进行分拆。

    数据-分列

    在python中,使用split函数。若以“-”为分隔符,对“homo”列中的所有元素进行分割,index与df2保持一致,列重新取名为“category”和“number”,则表达式如下:

    df3=DataFrame((x.split('-')forxindf2['homo']),index=df2.index,columns=['category','number'])

    printdf3

    输出:

    category number

    0     kana      A

    1     kana      B

    2      pdm      V

    3      pdm     V1

    5.数据提取

    按索引进行提取使用loc函数。

    printdf1.loc[:2]

    #提取从0至1的数据printdf1.loc[1]

    #提取索引为1的数据

    按位置提取,使用iloc函数,将横纵方向标签均从0开始计算。

    printdf1.iloc[2,2]

    #第三行第三列的数据printdf1.iloc[:3,:3]

    #前三行前三列的数据

    同时又按索引又按位置提取,使用ix函数。

    df1=df1.set_index('gene')

    #将gene设为索引列printdf1.ix[:'arx2',:3]

    #索引arx2之前及0-2列部分

    按条件提取,可使用isin函数。Isin函数用来判断是否为给定值,是返回“True”,否返回“False”。将isin函数嵌套如loc函数中,可以输出结果为“True”的数据。

    printdf1['group'].isin(['long'])

    输出:

    0     True

    1     True

    2    False

    3     True

    Name: group, dtype: bool

    printdf1.loc[df1['group'].isin(['long'])]

    输出:

    gene  size group

    0  arx1   411  long

    1  arx2   530  long

    3  arx4   450  long

    6.数据筛选

    Excel中可以使用“数据-筛选”根据字段进行筛选。

    数据-筛选

    Python中可使用与、或、非,”&”、”|”、”!=”和loc函数一起进行筛选。例如筛选size>400,homo带有kana的数据:

    printdf_inner.loc[(df_inner['size'] >400)&(df_inner['homo'].isin(['kana-A']))]

    或者使用query函数进行搜索。

    printdf_inner.query('size>400')

    本文参考:

    Python For Data Analysis

    蓝鲸网站分析博客,作者蓝鲸(王彦平)

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