Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的，主要基于OTUs的计数统计，比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离，包含的信息完全不一样；相比于jaccard距离，Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。
bray-curtis距离
其中，S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。
举例说明：
群落A和群落B的OTU统计如下表，
community OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5
A 10 8 4 1 1
B 7 3 8 4 0
min(S_(A,i)，S_(B,i)) = 7+3+4+1+0 = 15
sum(S_(A,i)) = 10+8+4+1+1 = 24
sum(S_(B,i)) = 7+3+4+8+4+0 = 22
D = 1 - 2*15/(24+22) = 0.3478
当然，D值越小越好，表示二者组成差异小。
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名...
一、β多样性分析内容及意义 a) 样品间距离计算 Euclidean，Bray-Curtis，Unweighted...
菌群相对丰度数据，用bray-curtis计算样本间的距离，接着用PCOA降维并作散点图。ggrepel包可为gg...
导读 Bray-Curtis NMDS降维分析菌群结构。 一、输入数据 1.1 菌属丰度矩阵 1.2 样品分组 二...
肠道菌群Bray-Curtis 要比unifrac 好本文转自微生物β多样性常用计算方法比较 unifrac:对于...
Github:https://github.com/khigashi1987/Python_PCoA[https:...
泰戈尔 给大家分享一个温暖的故事 前些天我在地铁站换乘，刚出地铁就看到一位盲人阿姨，杵着导盲棍，无助的搜寻出口，刚...
距离=美 短暂的相聚总是充盈着暖暖的馨香，眉开眼笑间肢体都是柔软的，大声粗语也可以变成吴侬软语，所有的矛盾瞬间烟消...
是谁，在纷乱的尘世里，制造着距离？ 别再逃避了。也许正是你。也许本是我。尽管，在这个世界里，有着你、我、他各自不同...
想象与现实的距离 到底有多远 我未曾知道 或许很远很远 遥不可及 或许 又会在你不经意间 突然出现在你的眼前 毕业...
本文标题：Bray-Curtis距离
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/jjtxiktx.html
网友评论