这是针对今天找 bug 的记录。
我在日常更改 sigminer 手册后使用 knitr 生成网页文档时发现一直报错：
Quitting from lines 42-43 (sigminer-doc.Rmd)
Error in png::readPNG(path, native = TRUE, info = TRUE) :
file is not in PNG format
这个报错源自于我使用了 knitr::include_graphics() 插入 png 图片。图片来自一篇自然综述，用于介绍 Mutation Signatures。
之前我也遇到过这种报错，后来莫名其妙好了，我也就没管了。今天不知道为什么又出现这种情况，所以还是自动动手想办法解决吧。
在 RStudio 的 code chunk 运行中，我是能正常看到预览的图片的，按理来说没有问题。我又试着使用 png::readPNG() 直接在控制台读入一张 png 图片（这是一个重点），出现了跟报错无关的警告，但能够正常读入。这就奇怪了。。。
我试着使用 debug() 函数后再运行 knit，这样可以跳入报错代码，按逐步运行确实有出现了上述的报错！
我依稀想起来之前重装 knitr 包好像解决了问题，我又重装 knitr，还是报错。
面对这个重复的报错，我越想越偏，我看到 png 包在读入数据时底层应该是调用了 C(++) 代码，难道是 png 包问题？我重装它还是没解决，我又试着安装源码包，还是有问题。。。
真是奇怪，不可能存在两份代码，我 knitr 外不报错，而在 knitr 使用时报错。想不明白的我暂时把问题扔到了 Stack overflow https://stackoverflow.com/questions/61721837/cannot-use-include-graphics-to-insert-png-in-rmarkdown-error-file-is-not-in-pn，吃饭去吧。
吃饭回来休息后打开一开发现有一回答：
I think that the issue might be where your Rmd is located
这个回答我内心觉得不对，因为我一直是在 Rmd 所在目录进行 knit 的，之前我使用 knitr 也没遇到这方面问题。不过如果真是这样呢？还是试试吧。
紧接着问题来了，我发现在 knit 的过程中我是无法在控制台看到输出的！这该怎么办呢？？搜解决办法。
通过谷歌我找到 2 种比较靠谱的方法来查看 knit 时使用的根目录。
第一种是根据 knitr 进行设定：
knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
这样就把 knit 时候的根目录跟 RStudio 使用的根目录保持一致了。但还是报错，而且这里我无法查看到底根目录是什么。
第二种方法的来源链接我忘了，是在 Stack overflow 上，我做了一点小的修改：
knitr::knit_hooks$set(debug = function(before, options, envir) {
if (!before) {
envir = as.list(envir)
message("Objects: ", paste(names(envir), collapse = " "))
for (i in names(envir)) {
if (!startsWith(i, ".")) {
message(
i, " = ", envir[[i]]
)
}
}
}
})
加入这段代码后我就可以在 code chunk 的设定中加 debug = TRUE，然后将 rprojroot::find_rstudio_root_file() 和 getwd() 的结果赋值给变量，knit 的时候会提示变量信息。
Objects: workdir root.dir
workdir = /Users/wsx/Documents/GitHub/sigminer-doc
root.dir = /Users/wsx/Documents/GitHub/sigminer-doc
|..... | 4%
ordinary text without R code
|...... | 5%
label: unnamed-chunk-3 (with options)
List of 2
$ echo : logi FALSE
$ fig.cap: chr "The illustration of SBS signature, fig source: https://www.nature.com/articles/nrg3729"
Quitting from lines 64-65 (sigminer-doc.Rmd)
Error in png::readPNG(path, native = TRUE, info = TRUE) :
file is not in PNG format
从输出来看 Rmd 的工作目录是完全没有问题的。那问题到底在哪里呢？？看着 file is not in PNG format 这个错误提示，我久久不能释怀，还是要搞掉它。
目前我在这个文档中我引入了外部 3 张 png 图片，我一个一个读取试试。
我 Ca，怎么有失败的。
> png::readPNG("fig/sbs_signature_overview.png")
[ reached getOption("max.print") -- omitted 3 matrix slice(s) ]
Warning message:
In png::readPNG("fig/sbs_signature_overview.png") :
libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile
> png::readPNG("fig/sbs_signature_overview_nat_review.png")
Error in png::readPNG("fig/sbs_signature_overview_nat_review.png") :
file is not in PNG format
恍然大悟，之前我读取正常的并不是我 knit 引起报错的。因为它们都是 png 文件，所以我觉得没什么不同，也就没有额外注意。
既然格式不对，那就得想办法知道报错图片的格式。我试了下 jpeg::readJPEG()，发现还是报错。这样搞不行，鬼知道有多少种图片格式，得找个工具。
接着我找到了正确的工具 magick。
一查，报错图片还真不是 png 格式：
> error_file = magick::image_read("fig/sbs_signature_overview_nat_review.png")
> print(error_file)
format width height colorspace matte filesize density
1 WEBP 685 521 sRGB FALSE 18390 72x72
原来我以为网络图片另存为 .png 就成了 png 图片。。。。
最后还是通过这个工具转换生成一张 png 格式的，从根本上解决了问题：
> right_png <- magick::image_convert(error_file, "png")
> right_png
format width height colorspace matte filesize density
1 PNG 685 521 sRGB FALSE 0 72x72
> magick::image_write(right_png, path = "fig/sbs_signature_overview_nat_review2.png", format = "png")
那么问题又来了，为什么使用在 RStudio 中使用 knitr::include_graphics() 预览是正常的呢？在写到这里的时候，我突然想到预览时 knitr 应该不是调用的 png 进行读取，所以没有报错。
现在回想起来有点想骂自己没脑子，有两个点如果注意了，我不会花这么多时间：
- 测试
png读取时应该使用报错的图片。 - 认真理解报错信息。
但作为一个人，往往难以客观准确高效地看清问题本质。另一方面说，没有愚蠢的操作，我也不会想尽办法各种深挖，事后写篇文章记录下了。
程序不会错，错的是我们的思维；bug 不可怕，可怕的它生出一堆 bugs（刚好看到 Y 叔今日推文）。
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