[R语言]单细胞的基因表达矩阵

作者: expgene | 来源:发表于2023-09-03 11:07 被阅读0次

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从cellranger处理后的结果文件matrix.mtx.gz，features.tsv.gz，barcodes.tsv.gz读取成矩阵的形式：

library(Seurat)

GCMat <- Read10X("/xxx/Melanoma/GSE139829/P1")

1. 将矩阵转成稀疏矩阵

GCMat <- as(b1,"dgCMatrix")

2. 基因有重复值的处理

基因名字有重复的话，就不能对行进行命名了。有重复基因的原因是有些基因有可变剪切的形式。

duplicated()函数可以查看哪些是有可变剪切的

3. 将字符型矩阵转换成稀疏矩阵

我们从下载的文本文件读取的基因表达数据GCMat，很可能是字符型的，要转换成稀疏矩阵。

GCMat2 <- apply(GCMat,2,as.numeric)

rownames(GCMat2) <- rownames(GCMat)

GCMat2 <- as(GCMat2,"dgCMatrix")

探序基因，生物信息解决方案

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