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在Mac上使用Aspera的完整步骤

在Mac上使用Aspera的完整步骤

作者: 桁_COLA | 来源:发表于2019-05-19 23:45 被阅读46次

    1、下载Aspera

    Download and install Aspera Connect software from: http://downloads.asperasoft.com/connect2/

    2、将Aspera Connect添加到环境变量中

    【注意:Aspera Connect安装完后在/Users/apple/Applications这个文件夹下;右键点击选择Show Package Contents可进入其内的文件夹】

    Show Package Contents

    Finder中打开apple文件夹后,组合键Shift+Command+. 即可看到隐藏文件

    找到.bash_profile文件并打开,加入语句export PATH=/Users/apple/Applications/Aspera_Connect.app/Contents/Resources:$PATH

    (注意该行前方不要有#,否则会被注释掉)

    保存后退出

    重新打开Terminal(即命令行)即可

    3、关闭Mac的防火墙

    在设置中找到安全-防火墙-关闭

    【由于我不知道选择性关闭某些防火墙的方法,所以选择了全部关闭】

    了解如何操作的同学,请参照下图关闭

    需用到的防火墙/端口

    4、Aspera万能使用语句

    基本语法(小白直接路过即可)

    万能语句
    ascp -T -l 640M -i "/Users/apple/Applications/Aspera_Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh" anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/SRR1533877.sra /Volumes/bottle_cap/

    ascp是Aspera的函数,可以理解为在命令行中使用Aspera

    -T和-l的设置可以先不用理解 照抄即可

    -i是指定一个密钥 这个文件每个人都相同 在如上路径 照抄即可

    anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov: 这里是固定语句 照抄即可

    /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/SRR1533877.sra 这就是你需要的文件所在的路径

    (关于具体路径如何获得

    大网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/download/

    具体网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR153/SRR1533877/

    其余类似)

    /Volumes/bottle_cap/ 是你想把文件储存在哪里的具体位置

    5、完成

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