Lu H, Ping J, Zhou G, et al. CommPath: An R package for inference and analysis of pathway-mediated cell-cell communication chain from single-cell transcriptomics[J]. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022, 20: 5978-5983.
单细胞转录组测序技术为研究组织内不同细胞群体之间的配体-受体（LR）相互作用提供了新的契机。然而，大多数已发表的细胞间通讯解析工具无法实现对在受体细胞中引起特定生物反应的功能性LR进行鉴定。此外，现有的工具无法解析LR对受体细胞更下游细胞类型的影响。本论文中我们开发了一个新的R语言软件包CommPath及其配套的网站，能够基于单细胞转录组数据对细胞间LR相互作用及其间信号通路介导的通信过程进行分析和可视化。CommPath构建了一个综合的信号通路数据库以解释LR的作用，从而对功能性LR进行鉴定。此外，CommPath能够同时对通讯过程中的上游细胞和下游细胞进行分析以对整体的细胞间通讯过程进行刻画。我们将CommPath应用于人类肝细胞癌（HCC）单细胞测序数据的分析，结果显示它能够破译复杂的LR相互作用模式及其相关的细胞间通信过程，并对它们在疾病与稳态之间的变化情况进行解析。
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