【转录组02】转录组数据下载

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从上到下依次是：名字，物种，实验类型，对整个文章的概述 image.png 从GEO数据库中得到SRA的数据编号 image.png image.png

数据下载

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sra下载

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aspera下载

ENA数据库
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

• 右上角输入编号 image.png
• 展开 image.png
• 选择需要下载的列 image

• 点击TSV

• 下载TSV，到自己电脑，
  然后用Xftp传输到服务器，放在sra目录下，方便管理
  

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• 查看

less -S filereport_read_run_PRJNA229998_tsv.txt

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• 文件参数

  
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#下载代码
ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ./miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR103/000/SRR1039510 .
#-k 1 表示断点续传；-QT是传输策略  -P3301是端口  era前是自己的密钥
#最后的.表示在当前目录

image.png

outputdir=~/project/Human_16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra  #设置目录
cat  sra.url |while read id   
do
  echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/biosoft/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${id} ${outputdir}"
done >sra.download.sh

#提交后台下载
nohup bash sra.download.sh >sra.download.log &

数据的完整性检验

数据完整性检验(非常重要！！！)
得到md5值

cat md5.txt

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