PacBio测序的Bam文件转fasta文件

需求：

PacBio ccs测序下机数据是bam格式的。而组装软件一般都需要fasta格式，因此需要将源文件转换成fasta格式。

软件：

SMRTlink
pacbio官网：https://www.pacb.com/

下载

使用conda

conda create -n smrtlink
conda activate smrtlink
conda install -c hcc smrtlink-tools

使用

conda activate smrtlink
bam2fasta -o output-perfix input.bam