DEseq原理

DEseq能解决的问题：

1. Differences in library sizes
2. Differences in library composition

DEseq中首先计算量化因子(size factor, SF)。其方法是首先计算每个基因/peak在所有样品中表达的几何平均值。每个细胞/样本的量化因子是所有基因/peak在与所有样品中的表达值的几何平均值的比值的中位数。由于几何平均值的使用，只有在所有样品中表达都不为0的基因才能用来计算。这一方法又被称为RLE（relative log expression）。