2023-01-23-Lecture10_MotifDiscov

motif

是一段典型的序列或者结构。称为基序，指构成任何一种特征序列的基本结构，有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，可能包含特异性的结合位点，或者是涉及某一特定生物学过程的有共性的序列区段，比如蛋白质的序列特异性结合位点如核酸酶和转录因子。

Regulatory motifs

1. 基因随着环境的变化而开启/关闭
2. 没有直接位置:子例程(基因)包含序列标签(基序)
3. 特定的蛋白(转录因子)能识别这些标记
   是什么让motif发现变得困难?
   -motifs很短(6- 8bp)，有时是简并
   -可以包含任意一组核苷酸(没有ATG或其他规则)
   -作用于目标基因上游(或下游)的各种距离间

转录因子TF使用DNA结合域来识别基因组中的特定DNA序列

TF是能与位于转录起始位点上游50-5000bp的顺式作用元件、增强子或沉默子结合并参与调节靶基因转录效率的一组蛋白。TF可直接或间接结合RNA聚合酶，通过识别DNA序列中的顺式作用元件而调节启动转录。

参考：
1、http://www.360doc.com/content/22/0524/20/44608199_1032975819.shtml
2、https://blog.csdn.net/weixin_30419799/article/details/96585838