水稻蛋白质系统进化树构建方法

利用最大似然法构建水稻蛋白系统进化树

1 蛋白序列获取

在MSU上检索蛋白序列，最终检索获取到770条蛋白序列。

2 多序列比对

利用CLUSTALW 2.1软件（Higgins DG等,2007），使用默认参数，对770条蛋白序列进行多序列比对。

3 构建系统进化树

利用IQ-TREE 1.6.12构建系统进化树。使用最大似然法（Maximum Likelihood，ML），设置自动测试546种替换模型，最终选用最优替换模型JTT+R10，bootstrap重复1000次。

4 绘制系统进化树

利用iTOL 5.4（Ivica Letunic等，2006），绘制系统进化树，删除bootstrap value低于70的分枝。

5 检验

参考Guo-Liang Wang（2011）、Hong-Wei Xue（2012）、Narendra Tuteja（2012）、Ki-Hong Jung（2014）等发表的关于某蛋白的文章，将770条蛋白系统进化树与文献中的系统进化树进行比较，结果基本一致。