利用最大似然法构建水稻蛋白系统进化树
1 蛋白序列获取
在MSU上检索蛋白序列，最终检索获取到770条蛋白序列。
2 多序列比对
利用CLUSTALW 2.1软件（Higgins DG等,2007），使用默认参数，对770条蛋白序列进行多序列比对。
3 构建系统进化树
利用IQ-TREE 1.6.12构建系统进化树。使用最大似然法（Maximum Likelihood，ML），设置自动测试546种替换模型，最终选用最优替换模型JTT+R10，bootstrap重复1000次。
4 绘制系统进化树
利用iTOL 5.4（Ivica Letunic等，2006），绘制系统进化树，删除bootstrap value低于70的分枝。
5 检验
参考Guo-Liang Wang（2011）、Hong-Wei Xue（2012）、Narendra Tuteja（2012）、Ki-Hong Jung（2014）等发表的关于某蛋白的文章，将770条蛋白系统进化树与文献中的系统进化树进行比较，结果基本一致。
利用最大似然法构建水稻蛋白系统进化树 1 蛋白序列获取 在MSU上检索蛋白序列，最终检索获取到770条蛋白序列。 ...
原文链接：一文解决蛋白质家族分析及进化树构建
背景 一行命令构建系统进化树。其实这个想法去年的时就开始构思了。当时在给师兄师姐帮忙构建几个基因家族的系统进化树，...
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参考链接 SNP数据构建系统进化树 - 简书[https://www.jianshu.com/p/57599b6a...
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“系统进化树构建都有哪些方法？“ “共有和特有基因分析中韦恩图为何与表中统计的数字不一致？” “在功能注释结果中，...
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本文标题：水稻蛋白质系统进化树构建方法
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/juhgnctx.html
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