主要用的是macs2包的子命令callpeak
mkdir -p macs2
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs --outdir ./macs2/ -n Treat -B -q 0.01
(1) -t : t是treatment组的意思，意为实验组，如果有多个样本，可以写为 -t A B C。
(2) -c ：c是control组的意思，即为实验组，如果有多个样本，同-t一样的用法。
(3) -n ：n是name的首字母，就是给输出文件设置名字。
(4) -f ：是format，即文件格式（ELAND，BED，SAM，BAM）等等。
(5) -g ：gsize，可用图表示的基因组大小，不同种属有不同的设定，一般人类的是 hs，小鼠mm。
(6) -q ：可设置qvalue阈值。
(7) -B ：bdg，以bedGraph格式存放fragment pileup, control lambda, -log10pvalue 和log10qvale。
Peak Calling 关于MACS2的使用方法， 我写了如何使用MACS进行peak calling详细地介绍...
Twitter 热论：ATAC peak calling with MACS2 问题 MACS3 github专门...
MACS2（Model-based Analysis of ChIP-seq）usage： -t：--treatm...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 MACS2 ...
使用这个软件的原因主要在于前面使用MACS2进行m6A peak calling，下游没有可用的现成的方法衔接此部...
欢迎关注”生信修炼手册”! MACS是一款最为流行的peak calling软件，最初是针对转录因子的chip数据...
ChIP-seq的核心是检峰（Peak Calling），当然现成的工具有很多，其中MACS比较常用，本文以MAC...
处理流程 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别，都是peak-calling，也就是从比...
我们用的MACS2来进行call peak的。 我的样本是：input，CK，treatment ========...
欢迎关注”生信修炼手册”! 在进行peak calling分析时，经常会接触到以下3种peak格式 narrow ...
本文标题：ChIP-seq（三）：macs2进行Calling peak
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/juoondtx.html
网友评论