学习小组Day3笔记--何小娜

Linux软件安装

• 安装 bzip2

yum install -y bzip2

bzip2 用于完成文件数据的压缩

• 软件管理 Miniconda

前期准备
1、百度搜索 "miniconda"
2、选择对应版本（python3.6 64-bit）,复制下载链接
3、wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh （键点一下粘贴；左键点一下复制）
4、用 bash运行安装脚本 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5、激活 source ~/.bashrc conda
6、添加国内镜像（用于加快软件下载速度）
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用 Miniconda
1、查看当前所有软件列表 conda list
2、搜索软件 conda search 软件名
3、安装软件 conda install fastqc -y -y表示自动安装，如果要指定下载的版本即 conda install fastqc=0.11.7 -y
4、卸载软件 conda remove fastqc -y
5、查看当前conda 有哪些环境 conda infor --envs
6、建立名为rnaseq的conda环境及安装 fastqc、trimmomatic软件
conda create -n rna-seq pathon=3 fastqc trimmomatic -y (pathon=3，即指定pathon的版本是3)
7、激活新的conda环境 source activate rna-seq
5、卸载环境中的fastqc conda remove -n rna-seq fastqc -y
6、全部卸载conda remove -n rna-seq --all