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基因序列常用操作

基因序列常用操作

作者: BioGou | 来源:发表于2020-09-16 09:29 被阅读0次

提取指定区域基因组序列

  • 单个序列,samtools faidx 提取:
    samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100
  • 多个区域序列提取,构建区域bed文件, 利用bedtools提取:
    bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa

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