TRF--Tandem Repeat Finder

TRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。

1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）；

串联重复序列又包含卫星序列 >100bp；小卫星序列 10bp < <100bp；微卫星序列 <=10bp；软件有TRF,RepeatMasker

转座子包含反转座子（复制粘贴）和DNA转座子（复制粘贴，剪切）；反转座子又包含LTR 长末端重复序列；LINE 长散在元件；SINE 短散在元件；

2. TRF安装

trf下载地址：https://tandem.bu.edu/trf/trf409.linux64.download.html

mv trf409.linux64 trf

chmod a+x trf

3. 软件运行

命令格式：trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod [options] （注：以上所有数字参数都为正数）

File： 输入文件，fasta格式

Match：匹配权重

Mismatch：错配惩罚分值

Delta：插入缺失惩罚分值

PM：匹配概率

PI：插入的概率

Minscore：报告中比对的分值最小值，相当于筛选阈值

MaxPeriod：重复片段长度的最大值

options： -m 将重复序列屏蔽，即转为N表示；-f 表示输出重复序列两边各500bp碱基，主要用于PCR；-d 生成另外的总结文档，用于后续脚本分析等；-h 压缩html输出，默认会自动加上-d参数；

一般设置参数为：trf sequence.fa 2 7 7 80 10 50 500 -m -f -d

未加-h参数

4. 结果文件

除了会生成对应的masked文件，就是将重复序列用N表示，还会生成dat文件，展示重复序列的详细信息；masked文件可用于后续注释软件使用

实际结果 表头说明

此外还可参考http://www.chenlianfu.com/?p=1747

参考网址：http://tandem.bu.edu/trf/trf.unix.help.html

http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

http://www.chenlianfu.com/?p=1747

http://tandem.bu.edu/trf/868y4Zg25ikZE.2.7.7.80.10.50.500.1.html

http://tandem.bu.edu/trf/trf.definitions.html#table