数量遗传学7-遗传力和相似度

遗传力-遗传效应引起的表型变异的比例

广义遗传力：
狭义遗传力：

遗传力是联系表型和基因型的纽带，作用 能解释父母与子代的相似性，做预测和选择育种

从公式来看，表型值可以通过观察实现，但是育种值如何衡量是问题
观察是否相似，引出相似度概念

概念解析

IBD：血缘同源（Identity By Descent，IBD），子代中共有的一段DNA区域或共有的等位基因均来源于一个共同的祖先。
IBS：状态同源（identical by state ，IBS），在个体之间分享着相同遗传突变，这些突变是在遗传进程中累积起来的，两者不一定有共同祖先。
系谱计算的是IBD，同胞，半同胞，表兄弟，都是有亲戚关系的，他们性格，长相相似，是有依据的，因为他们由IBD计算的血缘相似性较高。

根据SNP或者SSR计算的是IBS，虽然两个人没有亲戚，但依旧有很高的相似性（比如长相，性格，体型，爱好等），这说明两者的IBS计算的相似性较高。

共祖系数

本来一对等位基因传递给后代 ，一个后代只能有得到一个等位基因，如果一个个体中有两个基因是IBD，那就是近亲繁殖，父母亲有亲缘相关性
共祖系数等于各可能的等位基因的基因近郊系数的均值

计算共祖系数
因为共祖系数是亲缘关系系数的一半，所以可以根据亲缘关系系数来计算
另外，植物中应用的共祖度计算原则如下：
1，一个品种与其自身的COP =1,
2，杂交育成的品种分别从双亲得到一半的基因，与双亲本的COP=0.5
3，来源于同一亲本组合的两个品种间的COP = ( 0.75 ) 2 =0. 5625
4，含有部分相同亲本的两个品种间的COP计算方法：COPab = Σ [( 1 /2) n]（n是指数次方），品种a与品种b有部分相同亲本，n为a与共同亲本和b与共同亲本的杂交世代之和。

如下图，从个体x和y中随机抽取的单个等位基因是IBD的概率，有4种组合，是IBD的有1个，1/4=0.25

共组系数概念图解

计算以下几种情况的共组系数：

related指的是父母之间会近交，inbred指的是该个体是近交产生的个体，有一个自身的近郊系数

1 一对等位基因之间的共组系数，父母不近郊，θxx=fxx=（1+0+0+1）/4=0.5

2 一对等位基因之间的共组系数，父母近郊

咋算？其父母之间的共组系数，用子代x近交系数衡量-fx，计算看后面补充的知识点

系谱图，也表示了下面公式的符号关系

共组系数计算为：

3父母（非近交产生也不发生近郊）和子代之间的共组系数，（符号的含义是AF1,F来自副本，AM，M来自母本），这里真坑人，抽样结果也是只有四种，p指的是f本身，这里想表达的f和o 亲本和子代之间的关系，
4、父母和子代之间的共组系数（父母代x和y是近郊个体也发生近郊产生x），这里fp指的其实是f的近郊系数
5.inbred parent and its inbred offspring近亲繁殖的亲本及其近亲繁殖的后代
6半同胞x和y，这里要注意，AXF的意思指的是来自父本的等位基因A1A2，但是A1还是A2都有可能。

AXF和AYF的共组系数计算，有4种可能的等位基因组合，

组合 共组系数
A1A2 0
A1A1 1,
A2A1 0
A2A2 1
所以θff=1/2

7 full sibs x and y with unrelated non-inbred parents，这里图的最后一项错了 应该是AXM AYM

为啥是1/2,J计算参照第6条，可以得出一个结论，只考虑一个亲本，就是半同胞条件下，改亲本一对等位基因共组系数是1/2,1/4 unless parents are inbred and/or related

8 Coefficient of coancestry between full sibs x and y with unrelated inbred parents

组合 共组系数
A1A2 ff
A1A1 1,
A2A1 ff
A2A2 1
所以θff=1/2(1+ff)

9,Coefficient of coancestry between full sibs x and y with related and inbred parents
计算共祖系数的通用公式 ni:参与路径i的个体数
njk=通过j和k的路径所涉及的个体数
j,k=一对相关的共同祖先
示例

Coefficient of Fraternity

两个个体x和y的单基因位点基因型(均为等位基因)发生IBD的概率

概率解释：

全同胞：
半同胞：

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