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图解疫情!获取nCov2019包中的疫情信息

图解疫情!获取nCov2019包中的疫情信息

作者: 黄海菌 | 来源:发表于2020-02-04 16:22 被阅读0次

最近Y叔的R包nCov2019手机了2019冠状病毒的最近数据,昨天把相关推文转到了群里,小伙伴们积极参与,但是也有同学遇到了问题,在此总结一下

主要代码:

#安装并加载nCov2019包
remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019") 
library(nCov2019)
#获取相关数据并保存
a <- get_nCov2019()
#a是一个包含数据的list,之后的大部分操作都是把这个list的一部分提取出来并保存
b <- a["山东"]
barplot(height=b$confirm,xlab = "City",names.arg=b$name)
write.csv(a$chinaDayList, file = "我国每日列表.csv")
#write.csv的作用是将对象(a$chinaDayList)保存到你指定的目录中去
a$chinaDayAddList
write.csv(a$chinaDayAddList, file = "我国每日增加列表.csv")
a[]
write.csv(a[], file = "我国所有省.csv")
a['global']
write.csv(a['global'], file = "全球.csv")
a["山东"]
write.csv(a["山东"], file = "山东.csv")
allcity=data.frame()
for (i in a[]$name) {
  province=i
  citydata=cbind(a[i],province)
  allcity=rbind(allcity,citydata)
}
write.csv(allcity,file = "全国城市.csv")

简单的条形图展示山东省数据

barplot(height=b$confirm,xlab = "城市",ylab = "确诊人数",names.arg=b$name)
山东省.png

Reference:

https://mp.weixin.qq.com/s/_0D8ENb-4lGm4UV16Ok28A

问题1:使用install.packages安装包,提示找不到对象‘nCov2019’

主要问题是这个包不是存在CRAN,而是存在github,需要使用remotes包的install_github()指令安装。
(第一行就是:remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019") )
另外注意新装的R软件可能没有remotes包而报错,install.packages("remotes")后再运行即可。

One trouble solved _

同学返图.png

Tips: R包安装提示not available是新手入门遇到的常见问题。R包的主要来源有3个:
1.最常见的是CRAN,使用install.packages()命令安装;
2.很多生物信息学的包在bioconductor,需要安装并加载BiocManager包,使用install()命令安装(也有例外,WGCNA包就在CRAN);
3.还有一些R包放在github,需要用remotes包中的install_github()命令安装。

未完待续

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