本篇接着介绍下列 4种 api 的用法：
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get
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conv
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link
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4.ddi
get
根据提供的kegg 标识符，返回特定的记录，多个标识符之间用+ 连接，一次最多允许10个标识符，格式如下
http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]
dbentries = KEGG database entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja
option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json
共有两种用法
第一种用法，不带任何的option, 返回的结果和网页版的结果类似
示例：返回hsa:10458基因的信息
ENTRY 10458 CDS T01001
NAME BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53
DEFINITION (RefSeq) BAI1 associated protein 2
ORTHOLOGY K05627 BAI1-associated protein 2
ORGANISM hsa Homo sapiens (human)
PATHWAY hsa04520 Adherens junction
hsa04810 Regulation of actin cytoskeleton
BRITE KEGG Orthology (KO) [BR:hsa00001]
Cellular Processes
Cellular community - eukaryotes
04520 Adherens junction
10458 (BAIAP2)
Cell motility
04810 Regulation of actin cytoskeleton
10458 (BAIAP2)
Membrane trafficking [BR:hsa04131]
Endocytosis
Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) family proteins
I-BAR proteins
10458 (BAIAP2)
POSITION 17q25.3
...
第二种用法，后面加上options 操作，需要注意的是，特定的数据库有特定的option。
对于gene 数据库而言，支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列
示例：返回基因的核酸序列
>hsa:10458 K05627 BAI1-associated protein 2 | (RefSeq) BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53; BAI1 associated protein 2 (N)
atgtctctgtctcgctcagaggagatgcaccggctcacggaaaatgtctataagaccatc
atggagcagttcaaccctagcctccggaacttcatcgccatggggaagaattacgagaag
gcactggcaggtgtgacgtatgcagccaaaggctactttgacgccctggtgaagatgggg
gagctggccagcgagagccagggctccaaagaactcggagacgttctcttccagatggct
gaagtccacaggcagatccagaatcagctggaagaaatgctgaagtcttttcacaacgag
ctgcttacgcagctggagcagaaggtggagctgga
对于pathway 数据库而言，支持 image ， conf， kgml ，但是一次只允许查询1条记录
示例： 返回hsa05130的通路图
image.gif
对于 compound, glycan, drus 数据库，支持 images , mcol, kcf 操作，对于images , 一次只允许返回一条记录
示例 : 返回 C00002的结构示意图
image
conv
转换kegg 的ID 和其他数据库的ID
第一种格式，所有记录之间的转换
http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db
(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)
For gene identifiers:
kegg_d> = org
org = KEGG organism code or T number
outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot
For chemical substance identifiers:
kegg_db = compound | glycan | drug
outside_db = pubchem | chebi
示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 进行转换
ncbi-geneid:1 hsa:1
ncbi-geneid:10 hsa:10
ncbi-geneid:100 hsa:100
ncbi-geneid:1000 hsa:1000
ncbi-geneid:100008587 hsa:100008587
ncbi-geneid:100008588 hsa:100008588
ncbi-geneid:100008589 hsa:100008589
ncbi-geneid:100009667 hsa:100009667
ncbi-geneid:100009676 hsa:100009676
第二种格式， 某几条记录之间的转换，格式和第一种相同，只不过每次返回几条记录之间的对应关系，多条记录用+ 连接，1次最多允许10条记录
示例，查询hsa:10458和 ece:Z5100 两个基因对应的 ncbi protein id
hsa:10458 ncbi-proteinid:NP_059345
ece:Z5100 ncbi-proteinid:AAG58814
link
检索两个数据库之间的关联，共有两种用法
第一种，两个数据库之间的关联
http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db
target_db = database
source_db = database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed
示例：human 基因和pathway 之间的对应关系
hsa:10327 path:hsa00010
hsa:124 path:hsa00010
hsa:125 path:hsa00010
hsa:126 path:hsa00010
hsa:127 path:hsa00010
hsa:128 path:hsa00010
hsa:130 path:hsa00010
第二种，查询某几条记录在两个数据库之间的关联
示例：查询hsa:10458和ece:Z5100 两个基因对应的pathway 信息
hsa:10458 path:hsa04520
hsa:10458 path:hsa04810
ece:Z5100 path:ece05130
ddi
查找药物之间的相互作用关系 , URL 格式如下
http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry
dbentry = Single entry of the following database
database = drug | ndc | yj
可以提供1个药物的ID, 也可以一次提供多个，多个ID 用+连接
示例 ： 查询和D005664 这种药物存在相互作用的记录
dr:D00564 cpd:C00304 P unclassified
dr:D00564 cpd:C01946 P unclassified
dr:D00564 cpd:C04931 P unclassified
dr:D00564 cpd:C05849 P unclassified
总结：
kegg API 允许我们方便的获取各种资源，最大的好处是我们可以通过程序批量下载，比如批量下载一个物种所有的pathway通路图或者kgml 文件。API的用法也很简单，关键是我们要理解返回的数据有什么意义，比如 kgml 文件中记录了哪些信息，conf 文件中的数字代表了什么，后续我会详细介绍这些东西，通过kgml ,conf , 可以实现很多有意思的功能。
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