FastQC用法

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

常用参数说明：

-o --outdir  FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的

-f --format      指定输入文件的格式

--extract        生成的报告默认会打包成1个压缩文件，使用这个参数是让程序不打包

-t --threads      选择程序运行的线程数，每个线程会占用250MB内存，越多越快咯

--min_length      设置序列的最小长度，≥最长read的长度

-c --contaminants 污染物选项，输入的是一个文件，格式是Name [Tab] Sequence，里面是可能的污染序列，如果有这个选项，FastQC会在计算时候评估污染的情况，并在统计的时候进行分析，一般用不到

-a --adapters    也是输入一个文件，文件的格式Name [Tab] Sequence，储存的是测序的adpater序列信息，如果不输入，目前版本的FastQC就按照通用引物来评估序列时候有adapter的残留

-q --quiet        安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况

示例

单个样本：

fastqc -o/data1/project/fastqc.results/ -t 10 output.PA_3_1_2.fq

#-o --outdir  FastQC生成的报告文件的储存路径，-t线程

批量处理：

#!/bin/bash

#program:

#      Checking sequencing reads quality with FASTQC

for id in *fastq

do

echo $id

fastqc  -t 10 -o /data/analysis $id 

Done

参考：质控软件fastQC的安装及用法 - 简书 (jianshu.com)