分析colorspace的测序数据

1从EBI下载fastq格式的文件

ascp -QT -l 500m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR100/084/SRR10051084/SRR10051084.fastq.gz ./

2 fastqc质控

fastqc -o ./qc ./*.fastq

3 去除solid small rna adapter

cutadapt -m 10 -c --format=sra-fastq -a CGCCTTGGCCGT KCl_12min_2.fastq > KCl_12min_2_clead.fastq
-m 去掉长度小于10的测序结果，一定要加

4 bowtie 建index

bowtie-build -C Arabidopsis_thaliana.TAIR10.fa tar

5 比对

bowtie -C -S tar ../KCl_12min_22_clead.fastq >KCl_12min_2_clead.sam

6 之后就是rna-seq 正常流程了