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一文解决 | Linux(Ubuntn)系统安装 | 硬盘挂载

一文解决 | Linux(Ubuntn)系统安装 | 硬盘挂载

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2024-07-23 08:50 被阅读0次

    原文链接:一文解决 | Linux(Ubuntn)系统安装 | 硬盘挂载 | 用户创建 | 生信分析配置

    本期教程

    获得本期教程文本文档,在后台回复:20240724。请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。

    往期教程部分内容













    写在前面

    昨天(2024年7月23日)我们分享了学生及科研人员电脑配置推荐 | 笔记本+外置显卡配置,性能足够支持完成你博士论文文本内容,那么今天我们就分享一文解决 | Linux(Ubuntn)系统安装 | 硬盘挂载 | 用户创建 | 生信分析配置的教程,我们使用一文来解决大家在做生信时遇到安装系统、配置环境的问题。

    在此文中,我们尽快可能给出一套全网最全的教程。目标是解决新手小白同学查资源的困惑和难题。

    但是,每个童鞋遇到的问题不一样,此教程也不可能把你遇到的每个问题都归纳在其中。

    我们也希望,大家可以在留言区进行补充,最终形成一个完整的教程文档。


    1. 制作启动盘

    对于制作启动盘的工具更多,我们这里只是进行介绍我们本次安装时所使用到的工具,其余的工具,大家可以结合自己实际情况而定。

    1.1 使用rufus制作启动盘

    软件下载网址:https://github.com/pbatard/rufus/releases/download/v4.5/rufus-4.5.exe(点击下载)

    http://rufus.ie/downloads
    

    1.2. 点击打开rufus-4.5.exe

    1.3. Ubuntu系统的下载

    下载网址:

    https://cn.ubuntu.com
    

    1.3.1 Ubuntu桌面版下载

    下载链接:https://releases.ubuntu.com/24.04/ubuntu-24.04-desktop-amd64.iso

    1.3.2 Ubuntu服务器版本下载

    https://cn.ubuntu.com/download/server/thank-you?version=24.04&architecture=amd64
    

    下载对应的版本即可


    ubuntu官方也给对应的安装教程,科研进行参考。

    https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-server#3-boot-from-install-medi
    

    直接点击链接:https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-server#3-boot-from-install-media

    1.3.3 Ubuntu系统下载

    若是在官网下载速度很慢,可以在清华源下载,下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu-releases/14.04/ubuntu-14.04.6-desktop-amd64.iso

    # 网址:
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu-releases/14.04/
    

    1.4. 使用rufus制作启动盘

    需要使用8G的U盘进行制作。

    1.4.1 插上U盘,打开软件

    1.4.2 选择系统镜像

    1.4.3 进行制作

    以上操作完成后,软件中其他设置默认即可。

    点击“开始”

    1.4.4 完成后,文件夹中获得一下信息

    2. 开始安装

    进入系统BIOS进行安装,结合自己的电脑进入BIOS的快捷键,进入。我们这里不在介绍。

    进入BIOS,使用直接点击使用U盘安装即可,后面等在安装结束。以及设置相关的信息,结束后,直接重启即可。

    2.1 安装

    过一会儿,您应该会看到如下显示在屏幕上内容。


    2.2 设置语言

    after the boot messages appear, a ‘Language’ menu will be displayed.


    2.3 选择正确的键盘布局

    默认即可


    2.4 选择安装

    在这里,小杜建议选择“直接安装”


    2.5 网络设置

    安装程序将自动检测并尝试通过DHCP配置任何网络连接。


    2.6 磁盘设置

    我们建议使用一个空的磁盘作为系统盘,因此,直接默认相关参数即可。(以下图片不是我们安装过程中看到的图片,直接默认参数即可)


    2.7 分区设置

    默认参数。


    2.8 确认

    2.9 建立服务器信息

    软件现在正在磁盘上安装,但是安装程序需要更多的信息。Ubuntu Server 需要至少有一个已知的系统用户和一个主机名。用户还需要一个密码。

    2.10 安装软件或更新

    在安装过程中,可能会设置安装软件,或更新。

    我们建议在安装过程中,不选择更新选项,可能会无法下载或更新,导致安装失败。


    安装完成后,重启即可。到这里,Linux系统的安装就完成了,与正常的Windows系统安装一样。


    3. 使用Xshell连接

    3.1 安装后,我们可以直接只用局域网进行连接操作。


    网址:

    https://www.xshell.com/zh/xshell/
    

    Xshell可以下载免费授权版

    https://www.xshell.com/zh/xshell-download/
    

    点击下载:

    3.2 使用局域网

    我们在安装时,会出现自动配置网络,此网段即时局域网IP。或使用ifconfig进行查看。

    ifconfig
    

    连接时,就使用我们设置的账户和密码登录即可。


    端口若是没有改变,一般默认是22。


    4. 查看CUP信息和内存大小

    4.1 查看CUP信息

    lscpu
    

    cat /proc/cpuinfo
    

    4.2 查看内存信息

    cat /proc/meminfo
    
    free -h
    

    4.3 查看硬盘

    lsblk
    

    其中,sdb1是我挂载的硬盘。
    lsblk -f                                    # 查看是否挂载
    
    lsblk -p -o NAME,SIZE,TYPE,MOUNTPOINT       # 查看有几个分区
    

    4.4 查看硬盘大小

    fdisk -l | grep Disk
    

    5. 磁盘挂载

    我们的数据盘和系统盘是分开的,因此,需要进行磁盘的挂载。以及,我们需要将挂载磁盘设置为开机自动挂载

    以下命令,需要使用sudo进行操作,也可以直接在root用户下进行。

    5.1 查看分区

    sudo fdisk -l 
    

    5.2 创建挂载目录文件夹

    我一般是挂载/home/目录下,有的教程也挂载在/mnt/目录下。(在root用户下进行操作)

    mkdir /home/Data
    

    新的硬盘需要进行分区和格式化,若是已经做过分区,或是硬盘中已有数据,可以直接进行挂载,挂载后,数据依旧存在。

    5.3 分区

    fdisk /dev/sdb
    

    输入n表示建立新的分区。

    默认是p,表示主分区。e为扩展分区

    Partition number(1-4)时,1表示只分一个区。


    在Command (m for help)提示符后面输入p,显示分区表。

    5.4 格式化

    将分区/dev/sdb1格式化为ext4文件系统:

    mkfs -t ext4 /dev/sdb1
    

    5.5 将分区挂载到/home/Data

    mount -t ext4 /dev/sdb1 /home/Data
    

    6. 开机自动挂载

    我们上一步已经将硬盘挂载/home/Data目录下,现在进行自动挂载操作。

    6.1 查询挂载硬盘UUID

    sudo blkid /dev/sda2
    

    输出结果:

    $ sudo blkid /dev/sdb
    /dev/sda2: UUID="add1d12b-feb0-4243-9540-87d1c109f553" BLOCK_SIZE="4096" TYPE="ext4" PARTUUID="7c0dc869-2a6a-4594-b2c2-4d132c6afb15"
    

    UUID="add1d12b-feb0-4243-9540-87d1c109f553"即是我们需要的信息。

    6.2 修改/etc/fstab文件

    vim /etc/fstab
    

    在文档末尾添加裹在磁盘的信息。

    格式为:
    [UUID=************] [挂载磁盘分区]  [挂载磁盘格式]  0  2
    #-------
    UUID=a090b7e2-a47d-443f-a063-671d83a03473 /home/Data ext4 defaults 0 2
    

    第一个数字:0表示开机不检查磁盘,1表示开机检查磁盘;

    第二个数字:0表示交换分区,1代表启动分区(Linux),2表示普通分区

    挂载的分区是磁盘格式为ext4



    ok!到这里,磁盘自动挂载就完成了!我们的磁盘会随着的系统启动,自动挂载。


    6.3 磁盘的卸载

    使用umount命令用于卸载磁盘。

    umount /home/Data
    

    相关参数:

    参数:
    
    -a 卸除/etc/mtab中记录的所有文件系统。
    
    -h 显示帮助。 -n 卸除时不要将信息存入/etc/mtab文件中。
    
    -r 若无法成功卸除,则尝试以只读的方式重新挂入文件系统。
    
    -t<文件系统类型> 仅卸除选项中所指定的文件系统。
    
    -v 执行时显示详细的信息。
    
    -V显示版本信息。
    

    7. Ubuntu在指定路径下创建用户

    这一步目的是减少储存不够用的情况,我直接将用户挂载到磁盘中,此用户可以随意使用磁盘,直至这块磁盘满盘为止。

    以下操作,在root用户中进行。

    7.1 新建用户

    useradd -d /home/Data/Bioinfo -m -s /bin/bash Bioinfo
    
    /home/Data/:路径
    Bioinfo:用户名
    shell指定:/bin/bash
    

    7.2 修改用户密码

    passwd Bioinfo
    

    7.3 将用户设置成管理权限(此设置慎重)

    #将新用户添加到sudo组:如果你想让新用户具有管理员权限,可以将其添加到sudo组
    sudo usermod -aG sudo newuser
    

    7.4 检查用户权限

    sudo -l -U newuser
    

    7.5 修改用户权限

    可以使用chmod命令来修改用户对文件或目录的权限。例如,要将/var/www/html目录的所有权转移给新用户,可以运行以下命令:

    sudo chown -R newuser:newuser /var/www/html
    

    7.6 修改文件权限

    可以使用chmod命令来修改文件或目录的权限。例如,要将/var/www/html/index.html文件的所有者赋予新用户,可以运行以下命令:

    sudo chown newuser /var/www/html/index.html
    

    以上操作基本将我们的用户设置完成了。


    8. 用户权限设置

    我们这里单独使用一小节,介绍设置用户和权限。原文链接:https://blog.csdn.net/qq_43116031/article/details/133858239,作者已经在原文中介绍很详细了,我们这里直接引用过来。

    8.1 sudo

    sudo(Super User Do)是在Linux和Unix系统中用于执行具有超级用户(root)权限的命令的命令。它允许普通用户以特权身份运行特定命令,通常需要输入密码以确认其身份。

    sudo 是一种安全的方式,用于限制哪些用户可以执行特权操作,以减少潜在的系统损害。通常,只有系统管理员或有需要的用户才能使用 sudo。

    以下是一些 sudo 命令的常见用法:

    1. 以超级用户(root)身份运行单个命令:

    例如,要以超级用户权限安装软件,你可以运行:

    sudo apt-get install package_name
    
    1. 切换到超级用户(root)模式:
    sudo -i
    

    这将打开一个新的Shell会话,将以超级用户身份运行所有命令。要退出超级用户模式,只需输入exit。

    1. 编辑系统文件:
    sudo nano /etc/file_to_edit
    

    这将以超级用户权限使用文本编辑器打开文件以进行编辑。你可以使用 vim、nano 或其他文本编辑器。

    1. 管理系统服务
    sudo systemctl start|stop|restart service_name
    

    这将启动、停止或重启特定系统服务。

    1. 管理用户和组:
    sudo useradd new_username
    sudo userdel existing_username
    sudo usermod -aG group_name username
    

    8.2 useradd

    useradd命令来创建新用户,但它不会自动为用户分配home目录或设置密码。以下是使用 useradd 命令创建用户的基本语法:

    sudo useradd [options] username
    

    以下是一些常用的useradd选项:

    -m:自动为用户创建家目录。
    -s:指定用户的默认Shell。例如,-s /bin/bash 会将用户的默认Shell设置为Bash。
    -G:指定用户要加入的附加组。多个组可以用逗号分隔。
    -d:指定用户的家目录路径。
    -p:指定用户的加密密码。密码通常使用 passwd 命令设置,而不是直接在 useradd 命令中指定密码。
    

    8.3 passwd

    passwd是一个用于更改用户密码的命令,或者具有管理员权限的用户可以更改其他用户的密码。以下是 passwd 命令的一些常见用法:

    1. 更改当前用户的密码:
      用户可以使用 passwd 命令来更改自己的密码。在终端中,只需键入:
    passwd
    

    然后按照提示输入当前密码,然后输入新密码两次。

    1. 更改其他用户的密码:
      如果有管理员权限,可以使用passwd命令来更改其他用户的密码。在终端中,使用以下命令:
    sudo passwd username
    

    其中 username 是要更改密码的用户的用户名。然后按照提示输入新密码两次。

    1. 强制用户更改密码
      如果需要强制用户在下次登录时更改密码,使用以下命令:
    sudo passwd -e username
    

    这将使用户的密码在下次登录时过期,用户将被要求立即更改密码。

    1. 查看用户密码策略:
      使用以下命令来查看密码策略的详细信息:
    sudo chage -l username
    

    这将显示密码过期日期、最小和最大密码年龄等信息。


    1. 锁定用户账户
      使用以下命令来锁定用户账户,使用户无法登录:
    sudo passwd -l username
    

    要解锁用户账户,使用以下命令:

    sudo passwd -u username
    

    8.4 chmod

    chmod用于更改文件或目录权限的命令。用来分配或更改文件的访问权限,以确定哪些用户或用户组可以读取、写入或执行文件。

    chmod命令可以通过符号模式或八进制模式进行操作。以下是一些常见的chmod命令用法:

    符号模式:

    1. 添加权限:
    chmod +[权限] [文件名]
    

    例如,要添加执行权限给文件 file.txt,可以使用:

    chmod +x file.txt
    
    1. 删除权限:
    chmod -[权限] [文件名]
    

    例如,要删除写入权限从文件 file.txt,可以使用:

    chmod -w file.txt
    
    1. 设置权限:
    chmod [权限] [文件名]
    

    例如,要将文件 file.txt 的权限设置为读取和写入,可以使用:

    chmod rw file.txt
    
    1. 同时设置多个权限:
    chmod [权限1][权限2] [文件名]
    

    例如,要为文件 file.txt 设置读取和执行权限,可以使用:

    chmod rx file.txt
    

    八进制模式:

    1. 分配权限:
    chmod [八进制权限] [文件名]
    

    在八进制模式中,每个权限都用数字表示,如下所示:

    4:读权限
    2:写权限
    1:执行权限
    

    例如,为了将文件 file.txt 的权限设置为读取和写入权限,可以使用:

    chmod 600 file.txt
    

    8.5 chown

    chown用于更改文件或目录的所有者和组的命令。分配文件的所有者(user)和组(group)权限。以下是一些常见的 chown 命令用法:

    1. 更改所有者:
    sudo chown [新用户] [文件名/目录名]
    

    新用户 是要将文件或目录的所有权分配给的用户名。
    例如,要将文件 file.txt 的所有权更改为用户 newuser,可以使用:

    sudo chown newuser file.txt
    
    1. 更改组:
    sudo chown :[新组] [文件名/目录名]
    

    新组 是要将文件或目录的组权限分配给的组名。
    例如,要将文件 file.txt 的组权限更改为组 newgroup,可以使用:

    sudo chown :newgroup file.txt
    
    1. 更改所有者和组:
    sudo chown [新用户]:[新组] [文件名/目录名]
    
    新用户:是新的文件或目录所有者的用户名。
    新组:是新的文件或目录组的组名。
    

    例如,要将文件file.txt的所有者更改为newuser并将组更改为newgroup,可以使用:

    sudo chown newuser:newgroup file.txt
    
    1. 递归更改权限:
      递归地更改目录及其子目录中的文件的所有者和组,可以使用-R--recursive选项:
    sudo chown -R [新用户]:[新组] [目录名]
    

    例如,要递归地将目录mydir及其所有子目录中的文件的所有者和组设置为newuser和 newgroup,可以使用:

    sudo chown -R newuser:newgroup mydir
    

    请小心使用chown命令,确保有足够的权限来更改文件或目录的所有者和组。通常,只有系统管理员或文件的所有者应具有更改所有者和组的权利。


    9. 配置生信分析环境

    生信环境的配置,是我们进入生信分析门槛前的最后一步,若是没有这边,前面做的工作白做,后续的想做的工作无法进行。

    我们这里使用的是Bioinfo Note社群中,@九筒同学的教程,这个教程他在23日刚做了更新,比较全面,我们就直接引用他的教程即可。若是这个教程,无法满足您的需求,那么你也可以继续查找其他的教程,在网上一搜索,会有很多个教程。

    教程网址:https://www.yuque.com/jiutong-3byul/jiutong/imcg0lxd6zg5s39a?singleDoc#

    教程作者:@九筒

    9.1 升级组件

    # 解决90%问题
    sudo apt update
    sudo apt upgrade
    

    9.2 miniconda安装

    # 可以去官网看看是否更新,安装最新的提示操作
    mkdir -p ~/miniconda3
    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
    bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
    rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
    

    为 bash 和 zsh shell 初始化

    ~/miniconda3/bin/conda init bash
    ~/miniconda3/bin/conda init zsh
    

    在这里我们更推荐大家下载mambaconda下载确实慢。以及你也可以使用Pixi,速度是conda的10倍以上,mamba的4倍,Pixi是何方神圣呢?真有这么快吗?

    mamaba下载网址:

    https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/
    

    后面的操作基本一致,若是你使用conda直接copy即可,若是你使用mamba,那么需要更换一下相关命令即可。

    9.3 conda 常用命令

    1. 增加生信分析常用的镜像
    conda config --add channels defaults
    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge
    
    1. 关闭base环境自动启动
    conda config --set auto_activate_base false
    
    1. 创建虚拟环境
    # 创建环境
    conda create -n my_env_name
    
    # 也可以在创建时指定要安装的包及版本
    conda create -n my_env_name python=3.12 pytorch
    
    1. 克隆环境
    conda create -n new_env --clone old_env
    
    1. 连接和退出环境
    conda activate env_name
    conda deactivate
    
    1. 安装包的命令, 通常有三种安装方式:
    ## 安装一般的软件
    conda install 软件名字
    conda install -c conda-forge 软件名字
     
    ## 安装CRAN中的R包
    conda install r-包的名字
     
    ## 安装bioconductor中的R包
    conda install bioconductor-包的名字
    

    1. mamba代替conda

    作者在教程中也提供mamba操作

    软件安装:

    ## 安装mamba
    conda install mamba
    
    ## 安装一般的软件
    mamba install 软件名字
    mamba install -c conda-forge 软件名字
     
    ## 安装CRAN中的R包
    mamba install r-包的名字
     
    ## 安装bioconductor中的R包
    mamba install bioconductor-包的名字
    
    1. 其他 conda 命令
    # 显示conda 版本
    conda --version
    
    # 查看当前已创建环境的名称及位置
    conda info --envs
    conda env list
    
    #查看当前安装的软件
    conda list
    
    # 删除虚拟环境
    conda remove -n your_env_name --all
    
    # 当前的 cofig
    conda config --set show_channel_urls yes
    
    # 查看添加的镜像:    
    conda config --show
    
    # 当前channels文件
    conda config --get channels
    
    # 或者直接系统层面看conda的源
    sudo nano ~/.condarc
    
    # 删除源     
    conda config --remove-key channels
    

    9.4 安装 Jupyter Notebook

    9.4.1 安装 Jupyter

    1. 方法一:每个环境安装一个jupyter
    # 进入要安装jupyter的虚拟环境
    conda activate omicverse
    
    # 检查pip的版本
    pip3 --version
    
    # 检测pip是不是位于 omicverse 的虚拟环境下
    which pip3
    # 显示:/home/bio/miniconda3/envs/omicverse/bin/pip3
    
    # 使用pip安装jupyter
    pip3 install -U jupyter
    
    1. 方法二:只在 base 环境中安装 jupyter

    首先,需要在已经安装了 python 的环境中,安装 ipykernel

    # 新建一个目标环境,指定python版本3.12
    conda create -n pytest python=3.12
    
    # 进入该环境
    conda activate pytest
    
    # 检查是否已经安装了ipykernel(如果该环境安装过jupyter,就会有ipkernel,不用再次安装)
    conda list
    
    # 如果没有,则安装ipykernel
    conda install ipkernel -c conda-forge
    

    然后,我们到 把 jupyter 安装到 base,用同一个 jupyter 来使用所有环境中的 python

    # 回到base环境
    conda deactivate
    
    # 检查pip的版本
    pip3 --version
    
    # 检测pip是不是位于 miniconda 的 base 虚拟环境下
    which pip3
    # 显示:/home/bio/miniconda3/bin/pip3
    
    # 使用pip安装jupyer
    pip3 install -U jupyter
    

    最后,将 conda 中的所有 python 环境添加到 Jupyter Notebook 中

    # 安装这个工具
    conda install nb_conda_kernels
    
    # 这个只需要安装一次,以后新建的环境,安装了ipykernel后会自动添加
    

    9.4.2 配置 jupyter

    ● 这里配置 jupyter 是为了方便我们进行远程访问
    ● 注意,配置文件是全局的,即同一个用户,各个虚拟环境中的 jupyer 默认都使用同一个配置文件
    ● 因此,即使在不同的虚拟环境中安装了多个 jupyter,只需要配置一次

    1. 检查jupyter配置文件
    # 生成配置文件,记住返回的文件地址
    jupyter notebook --generate-config
    # 默认是:/home/bio/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
    
    # 进入python解释器
    python3
    
    1. 计算密码的hash值
    from jupyter_server.auth import passwd
    passwd ()
    
    # 设置密码
    # Enter password:
    # Verify password:
    
    # 输入密码,返回该密码的hash值
    # 如[1]:'argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$NljykjG3OllNHs9cEnhHmw$4Yvv/CCHEir9PzzdSBFUJMHSa3OucpG+XgH3Fr0UMys'
    
    # 退出python
    quit()
    
    1. 修改Jupyter配置文件

    用 nano 编辑器打开配置文件

    nano /home/bio/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

    4. 增加如下内容
    ```R
    # 增加如下内容
    
    # hash= 填上刚才生成的hash
    hash='argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$NljykjG3OllNHs9cEnhHmw$4Yvv/CCHEir9PzzdSBFUJMHSa3OucpG+XgH3Fr0UMys'
    
    # 允许任意ip访问
    c.ServerApp.ip = '0.0.0.0'
    
    # 设置密码
    c.ServerApp.password = hash
    
    # 关闭自动打开浏览器
    c.ServerApp.open_browser = False
    
    # 设置端口号
    c.ServerApp.port = 8888
    
    # 允许远程连接
    c.ServerApp.allow_remote_access = True
    
    # nano编辑器的操作很简单,修改完成后按 ctrl + x 退出
    
    1. 安装中文语言包
    # 安装中文语言包(推荐)
    pip install jupyterlab-language-pack-zh-CN
    
    # 或者用conda
    conda install jupyterlab-language-pack-zh-CN
    

    当然,如果你不修改配置文件,也可以通过 ssh 端口映射的方式远程访问,但不推荐

    1. 端口映射
    # windows terminal 连接服务器时映射端口号
    # 不建议使用
    ssh -L8888:localhost:8888 root@服务器IP
    

    9.4.3 启动并打开 Jupyter Notebook

    1. 启动Jupyter

    激活 conda 环境

    # 如果是在每个环境中都安装了jupyter,则进入对应的环境启动
    conda activate omicverse
    
    # 如果是在base中安装的jupyter
    conda activate base
    

    进入对应的工作目录

    # 我这里使用的是bio用户,进入后默认是/home/bio目录
    
    # 检查当前目录
    pwd
    # 返回:/home/bio
    
    # 我平时的项目都存储在/home/bio/work目录
    
    # 如果没有,新建一个工作目录
    mkdir work
    
    # 进入work目录
    cd work
    

    启动Jupyter

    # 启动 notebook
    jupyter notebook
    
    # 或者使用 jupyter lab
    jupyter-lab
    
    # 如果你是root用户(不建议)
    jupyter notebook --allow-root
    
    # 如果你是root用户(不建议)
    jupyter-lab --allow-root
    
    1. 浏览器访问
    地址:服务器 IP:端口号
    如:192.168.3.128:8888
    第一次访问需要密码,就是你之前设置的密码(如 admin)
    

    10. 安装R和Rstudio Server

    关于安装R和Rstudio Server,我们的教程Ubuntu中安装R和Rstudio软件也介绍很详细,可以作为参考。

    10.1 创建R的虚拟环境

    # 创建名为R的环境
    conda create -n R
    

    10.2 安装R

    # 进入到R这个环境
    conda activate R
    
    #安装R,指定r-base=4.3.2,那么就会安装R-4.3.2,你也可以不指定
    conda install r-base=4.3.2
    
    # 进入R解释器
    R
    
    # 退出R解释器
    q()
    
    # 查看当前的R解释器
    which R
    

    10.3 安装 Rstudio server

    ● 建议查看官网地址:https://posit.co/download/rstudio-server/
    ● 我这里安装的版本可能已经不是最新的

    # 装gdebi-core
    sudo apt-get install gdebi-core
    
    # 下载Ubuntu 22对应的.deb文件
    wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2024.04.0-735-amd64.deb
    
    # 安装
    sudo gdebi rstudio-server-2024.04.0-735-amd64.deb
    
    # 如果始终安装不上,试一下更新源
    sudo apt update
    sudo apt upgrade
    
    # 验证是否安装
    sudo rstudio-server verify-installation
    sudo rstudio-server verify-installation
    # 正常会提示:Server is running and must be stopped before running verify-installation
    # 但这里极大可能是报错的,没关系,因为我们是在虚拟环境中安装的R,因此会提示找不到R,先不管它
    

    10.4 配置 Rstudio server 中的R解释器

    ● 因为Rstudio server 是一个 linux 系统服务,你无法安装多个(除非你使用 docker,这个教程里不涉及)
    ● 如果你有多个不同的 R 环境,你就需要查看不同环境中的R解释器的位置
    ● 然后我们告诉rstudio-server 使用哪个R 解释器

    # 进入到某个安装了R解释器的环境
    # 如刚刚我们安装的
    
    # 进入到R这个环境
    conda activate R
    
    # 查看当前环境的R解释器地址
    which R
    # 返回:/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R
    
    # 打开/etc/rstudio/rserver.conf文件
    sudo nano /etc/rstudio/rserver.conf
    
    # =后的地址修改为目标R解释器地址
    rsession-which-r=/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R
    
    # nano编辑器的操作很简单,修改完成后按ctrl + o,覆盖原文件,然后 ctrl + x 退出
    

    10.5 重启 Rstudio server 服务

    # sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
    # sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
    # sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server
    
    # 这里我们手动重启一下
    sudo rstudio-server restart
    
    # 验证是否在运行,在启动状态下输入
    sudo rstudio-server verify-installation
    # 会提示:Server is running and must be stopped before running verify-installation
    
    # 我们关闭服务
    sudo rstudio-server stop
    
    # 再次输入
    sudo rstudio-server verify-installation
    # 会输出诊断报告
    
    # 重启服务
    sudo rstudio-server restart
    

    10.6 浏览器访问

    地址:服务器 IP:端口号
    默认端口号:8787
    如:192.168.3.128:8787
    账号:linux 用户名(bio)
    密码:对应的用户密码(admin)
    

    10.6 其他 Rstudio server 配置

    官方配置教程:https://support.posit.co/hc/en-us/articles/200552316-Configuring-RStudio-Workbench-RStudio-Server

    1.Rstudio server设置文件

    cat /etc/rstudio/rserver.conf
    # Server Configuration File
    
    # 查看rsession配置文件
    cat /etc/rstudio/rsession.conf
    

    /etc/rstudio/rserver.conf

    ## In /etc/rstudio/rserver.conf
    
    # 更改端口为8787,默认就是8787
    www-port=8787
    
    # 默认情况下,RStudio绑定到地址0.0.0.0
    www-address=0.0.0.0
    
    # 添加系统的库路径作为外部库以供RStudio server调用
    rsession-ld-library-path=/xxxxxx/lib
    
    # 指定conda中的R
    rsession-which-r=/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R
    
    # 限制能够使用RStudio-server的用户组,例如
    auth-required-user-group=rstudio_users
    

    /etc/rstudio/rserver.conf

    ## In /etc/rstudio/rserver.conf
    
    # 默认用户超过2个小时没有发出命令,RStudio会将该用户的R session挂起到磁盘
    # 这样他们就不再消耗服务器资源(下次用户尝试访问服务器时,他们的会话将被还原)
    # 当用户在运行代码时是不会因为超时被挂起
    # 可以使用session-timeout-minutes设置更改超时(包括通过指定值为0来禁用它)
    session-timeout-minutes=30
    
    
    # 更改R包安装地址
    # 通过修改r-libs-user可以更改用户的默认R包安装地址
    # 这样的好处是确保最终用户安装的R包在路径中没有R版本号
    # 这使管理员可以在服务器上升级R版本而不用重置用户安装的软件包
    r-libs-user=~/R/packages
    
    # 更改默认镜像
    r-cran-repos=https://mirrors.nics.utk.edu/cran/
    

    ok!到这里,我们就完成了Ubuntu系统的安装+用户设置+磁盘挂载+生信环境基础配置。注意:我们文章中只是总结了一部分内容,很多详细的内容,都需要自己有正对性的设置,大家可以尽情地“度娘”。


    获得本期教程文本文档,在后台回复:20240724。请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。

    参考:

    1. https://blog.csdn.net/mayue_web/article/details/124750653
    2. https://blog.csdn.net/winycg/article/details/109517512
    3. https://blog.csdn.net/qq_35451572/article/details/79541106
    4. https://www.yisu.com/ask/88822632.html
    5. https://blog.csdn.net/Mcy7ycM/article/details/124347504
    6. https://blog.csdn.net/qq_43116031/article/details/133858239
    7. https://www.yuque.com/jiutong-3byul/jiutong/imcg0lxd6zg5s39a?singleDoc#

    若我们的教程对你有所帮助,请点赞+收藏+转发,这是对我们最大的支持。

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