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一行代码搞定上下调基因分别富集

一行代码搞定上下调基因分别富集

作者: 科研侠 | 来源:发表于2021-11-23 18:57 被阅读0次

    我们经常遇到上下调基因分别做富集分析(GO,KEGG),并且整合在同一张条形图中。

    常规的想法就是分上下调基因分别做富集分析,使用ggplot包,设置因子,计算双向的log10(pvalue)值,修改坐标轴......

    真是头大!!!在一番寻觅之后,终于找寻到了更好,更简单的方法,分享给大家。

    02

    代码展示

    #加载R包

    rm(list = ls())

    if(!require(devtools))install.packages("devtools")

    if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray",upgrade = F)

    library(tinyarray)

    加载入孙小洁老师的tinyarray包,也是这篇文章的主角。首先,查看包中自带数据。

    deg[1:4,]

    根据帮助文档,我们仅提供ENTREZID和chang两列即可

    a = double_enrich(deg,n = 5)

    a

    $kp

    $gp

    简简单单,GO和KEGG一句搞定

    图形按照-log10(p)排序

    支持n,颜色的参数设置

    而且,最终图片的保存为ggplot,因此,ggplot包含的参数,它都是可以调整的,你可以通过参数的调整,做出更加美观的图形。

    贴心小提示,tinyarray1.4.0以上版本才可用!

    文 | 肥肥小橘猫

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