我们经常遇到上下调基因分别做富集分析(GO,KEGG),并且整合在同一张条形图中。
常规的想法就是分上下调基因分别做富集分析,使用ggplot包,设置因子,计算双向的log10(pvalue)值,修改坐标轴......
真是头大!!!在一番寻觅之后,终于找寻到了更好,更简单的方法,分享给大家。
02
代码展示
#加载R包
rm(list = ls())
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray",upgrade = F)
library(tinyarray)
加载入孙小洁老师的tinyarray包,也是这篇文章的主角。首先,查看包中自带数据。
deg[1:4,]
根据帮助文档,我们仅提供ENTREZID和chang两列即可
a = double_enrich(deg,n = 5)
a
$kp
$gp
简简单单,GO和KEGG一句搞定
图形按照-log10(p)排序
支持n,颜色的参数设置
而且,最终图片的保存为ggplot,因此,ggplot包含的参数,它都是可以调整的,你可以通过参数的调整,做出更加美观的图形。
贴心小提示,tinyarray1.4.0以上版本才可用!
文 | 肥肥小橘猫
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