一、一般情况下：

转换 .sra 文件成 .fastq/fasta 文件（此步需要在含有文件的文件夹下运行）

single-end 单端测序（此步需要在含有文件的文件夹下运行）

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 结果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 结果生成DRR000003.fastq

pair-end 双端测序（此步需要在含有文件的文件夹下运行）

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  结果生成   DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq

二、批量处理

???

首先你的SRA文件在哪？

/Users/nzp//ncbi/public/sra/

其次你的fasterq-dump在哪个文件下面？

/Users/nzp/sratoolkit.2.8.2-mac64/bin

方法一：
把/Users/nzp//ncbi/public/sra/* 下的sra文件转成fastq文件，并存放在/Users/nzp//ncbi/public/sra/* 下

dump=/Users/nzp/sratoolkit.2.8.2-mac64/bin/fast-dump 
ls /Users/nzp//ncbi/public/sra/* | while read id; do (nohup $dump --gzip --split-3 -O ./${id} & ); done

方法二：
进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化：

for i in *sra
do
echo $i
/Users/nzp/sratoolkit.2.8.2-mac64/bin/fastq-dump --split-3 $i
done

（这个一步不可以迷信*sra，需要观察自己的文件）

image.png

我的文件这样
需要修改

for i in SRR*; do echo $i;D:/sratoolkit.2.11.3-win64/bin/fastq-dump --split-3 $i ;done