Day3 刘强

作者: 刘强_9e14 | 来源:发表于2019-12-03 19:22 被阅读0次

    Linux之软件安装

    Miniconda

    软件下载器,类似于APP store,90%软件可直搜直用。


    Linux 软件管理.png

    如何下载Miniconda

    • Key words:miniconda 清华
    • 进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
      linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本。根据自己服务器是多少位,输入命令
      uname -a
    • 安装python3.6对应的版本 (右键-复制下载链接)
    • 进入biosoft目录
      cd ~/biosoft
    • 下载Miniconda
      wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
      或者(cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
      【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】)

    如何安装Miniconda

    • 开始安装
      bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    • Enter跳过确认版权信息直到 输入Yes 确认
      -激活conda
      source ~/.bashrc
    • 添加镜像
    # 使用清华镜像
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    正式使用conda

    • 查看当前所有软件列表
      conda list
    • 搜索软件 (这里以数据质控软件fastqc为例)
      conda search fastqc
    • 安装软件 (加上-y是自动安装)
      conda install fastqc -y

    默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
    如果要指定版本号,可以 conda install fastqc=0.11.7 -

    • 卸载软件
      conda remove fastqc -y

    Conda环境

    生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
    办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(Ref: 生信星球)

    • 先查看当前conda环境
      conda info --envs
      (前面带*的是默认环境)
    • 以转录组数据处理为例,
      1,首先要建立一个名叫rnaseq的conda环境,
      2,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成),
      conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
      3, 创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,
      conda info --envs
      看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base
      4, 激活新的conda环境
      conda activate rna-seq
      这时默认的就会转移到rna-seq前面*
      另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)

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