蔡氏认为肾间动气———原气，是命门学说的核心部分。自《难经》首创以来，后世医家有所补充、发展，丰富其内容，使其成为完整的理论，兹探讨如下：
１．生命的原动力：《难经·六十六难》说：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之本也，故名曰原。”指出肾间动气是生命的原动力，此动气又名原气，是先天本源之气。它是人类从胚胎形成人体时即已产生，而随着机体的发展，生命的活动就更显出它的重要性。因此，《难经·八难》说：“此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源，一名守邪之神。”
２．原气的特性：孙一奎说：“原气者，即太阳之本体也，名动气。气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。两肾静物也，静则化，亦阴之精也，此太极之体所以立也。动静之间，阳变阴合，而生水火木金土也，其斯命门之谓欤？”（《医旨绪余》）指出原气有两个特性，一是能动性，一是物质性。前者是说原气处于永恒的自发地运动状态之中，其运动的内部机制在聚散离合，屈伸往来的运动中化生各种生理现象，即所谓“动则生”，故原气其有能动性。后者是说，原气具有顽强的物质性，它表示独立于人的意识活动之外客观存在，而寄于两肾之间。这里有两层意思：其一是它的物质性；其二是客观存在性。原气的能动性与物质性相结合，即“体用结合，动静无间，阳变阴合”。气聚成物，物散转气，聚散不止，导致机体生生不息。所以原气是人体生命的活动，水木金火土也即五脏，五脏之气也即是原气所产生的。
３．原气的产生：《难经·三十六难》说：“命门者，谓精神之所舍，原气之所系也。”言原气产生于命门，而命门是维持原气不断产生的地方。其中包括着原精与原神。原精者，精血也；原神者，神机也。原气生原神，原精化原气，气旺则神旺，气衰则神疲。所以维持原气的化生，是命门的主要生理功能。
４．原气与阳气：原气既产生于命门，而命门则为阳气出入的根本。原气为先天本源之气，
而阳气则为原气活动时发挥效应之气，故原气为生气之源，而阳气为生气之用，亦称为原阳
真阳。张景岳在《大宝论》说：“阳气者，若天与日，失其所则折寿而不彰，故天运当以日光
明。此言天之运也。人之命，元元根本，总在太阳无两也……由此言之，可见天之大宝只此
一丸红日，人之大宝，只此一息真阳。”此根本即命门。张又云：“不观人之初生，生由脐
带，脐接丹田，是谓气海，即命门也。所谓命门者，先天之生我者，由此而受，后天之我生
者，由此而载也。夫生之门即死之户，所以之盛衰安危，皆系于此者，以其为生气之源，而
气强则强，气衰则病，此虽至阴之地，而实元阳之宅。”
５．原气之输布：《难经·六十六难》云：“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。”“三焦之所行，气之所留止也。”就指出原气通过三焦而输布于全身。所谓三气即下焦、中焦、上焦之气。张山雷认为是上、中、下三部脉气。而李时珍《本草纲目》更明确指出：“三焦相火之用，分布命门原气，主升降出入。游行天地之间，总领五脏、六腑、营卫、经络、内外、上下、左右之气，号曰中清之腑，上主纳，中主化，下主出。”说明命门原气，通过三焦气化对周身脏腑组织发生的动力作用。
然而三焦如何联系上下命门呢？宋代陈言《三因方》说：“三焦者，有脂膜如手大，正与膀胱
相对，有二白脉自中出夹脊而上贯于脑。”陈氏所指三焦的实质，其部位及其与脑的联系，正
是两肾之间的下命门。而脑又为督脉所属，督脉从上而下，起于太阳之上命门，上额络脑。
这样通过三焦和督脉，就把上命门和下命门联系起来，构成整个命门系统
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