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用Python读取FASTA格式的序列文件,并只将序列ID写入到

用Python读取FASTA格式的序列文件,并只将序列ID写入到

作者: 懒猪曼达 | 来源:发表于2022-10-09 21:39 被阅读0次

输入文件(Fasta_text.txt)的格式假定如下:

>evm.model.Contig624.10

ATGAGTAAACCTAGAAAGAGACCGGATCTACGGCTGCCGTCTAACTCGGGAACTGAGCAACTCGGCTCATCAGCAGCTGGACT....

>evm.model.scaffold_297.17

ATGAGTAAACCTAGAAAGAGACCGGATCTGCGGCTGCCGTCCAACTCGGGAACTGAGCAACTCGGCTCATCAGCAGCTGGACT...

代码实例
输出结果

读取文本文件

read()一次性读取整个文件内容,推荐使用read(size)方法,size越大,运行时间越长,读取到的数据是字符串

readline()每次读取一行内容,内存不够用时使用,一般不太用,读取返回的是一个字符串

readlines()一次性读取整个文件内容,并按行返回到list,方便我们遍历,读取返回的是一个列表

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