MeRIPseqPipe分析拆解05-数据比对之BWA

rRNA去除之后就开始进行数据比对了，这一步骤作者使用了四个比对软件：Tophat2，STAR，HISAT2，BWA。

相应代码抠出来：

BWA：

image-20220524201319092.png

继续扣出来运行~

构建索引

# conda install -c bioconda bwa -y
# 创建文件夹
mkdir BWAIndex

# 构建BWA索引
# vim BWAIndex.sh
fasta=Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa
fasta_baseName=GRCh38

cd BWAIndex/
bwa index -p ${fasta.baseName} -a bwtsw ../$fasta
cd ../

# 运行
nohup sh BWAIndex.sh >BWAIndex.sh.log &

索引内容如下：

BWAIndex
├── GRCh38.amb
├── GRCh38.ann
├── GRCh38.bwt
├── GRCh38.pac
└── GRCh38.sa

数据比对

参数解释

• -f： FILE file to write output to instead of stdout
• --library-type：建库方式类型，无链特异性，链特异第一链，链特异第二链

# 激活小环境 
conda activate rna

# 创建文件夹
mkdir -p alignment/bwa
index_base=../GRCh38/BWAIndex/GRCh38
outdir=alignment/bwa

## 单端
ls alignment/rRNA_dup/SRR10352*gz |while read id
do
sample_name=${id##*/}
sample_name=${sample_name%%.*}
echo "bwa aln -t 12 -f $outdir/${sample_name}.sai $index_base $id && bwa samse $index_base $outdir/${sample_name}.sai $id | samtools view -@ 12 -h -bS - >$outdir/${sample_name}_bwa.bam"
done >bwa.sh

# 运行
nohup sh bwa.sh >bwa.sh.log &

bwa.sh的内容：

image-20220524195757995.png

运行完之后目录下每个样本会生成：

• SRR1035213_bwa.bam
• SRR1035213.sai