MeRIPseqPipe分析拆解05-数据比对之Tophat2

rRNA去除之后就开始进行数据比对了，这一步骤作者使用了三个比对软件：Tophat2，STAR，HISAT2，BWA。

相应代码抠出来：

Tophat2：

image-20220327015817124.png

继续扣出来运行~

构建索引

# 激活小环境 
conda activate rna

# 创建文件夹
mkdir Tophat2Index

# vim Tophat2Index.sh
fasta=Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa
fasta_baseName=GRCh38

ln $fasta Tophat2Index
bowtie2-build -f $fasta Tophat2Index/${fasta_baseName}

# 运行
nohup sh Tophat2Index.sh >Tophat2Index.sh.log &

索引内容如下
Tophat2Index
├── GRCh38.1.bt2
├── GRCh38.2.bt2
├── GRCh38.3.bt2
├── GRCh38.4.bt2
├── GRCh38.rev.1.bt2
├── GRCh38.rev.2.bt2
└── Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa

数据比

额 作者内部好像放的是tophat不是tophat2。

• --no-novel-juncs：不输出新的junction
• --library-type：建库方式类型，无链特异性，链特异第一链，链特异第二链

# 激活小环境 
conda activate rna

# 创建文件夹
mkdir -p alignment/tophat2
ls *gz | perl -ne 'chomp;/(SRR\d+)/;print"mkdir alignment/tophat2/$1\n";' |sh

gtf=../GRCh38/Homo_sapiens.GRCh38.105.chr.gtf
strand_info=fr-unstranded
index_base=../GRCh38/Tophat2Index/GRCh38
outdir=alignment/tophat2

ls alignment/rRNA_dup/SRR10352*gz |while read id
do
sample_name=${id##*/}
sample_name=${sample_name%%.*}
echo "tophat  -p 12 -G $gtf -o ${outdir}/$sample_name --no-novel-juncs --library-type $strand_info $index_base ${id} > ${outdir}/${sample_name}_log.txt && mv ${outdir}/$sample_name/accepted_hits.bam ${outdir}/${sample_name}_tophat2.bam "
done >tophat2.sh

# 运行
nohup sh tophat2.sh >tophat2.sh.log &

tophat2.sh的内容：

image-20220328175452502.png

运行完之后目录下每个样本会生成一个*_tophat2.bam。