1，人类所有基因蛋白序列下载
数据库地址：https://www.uniprot.org/tool-dashboard
1）进入网页，拉到最低端，点击“Proteins (UniProtKB)”
image.png
选择展示形式，个人喜欢table
image.png
2）选定物种和子库（Swiss-Prot是校准过的库）
image.png
3）选择需要下载的信息
image.png
image.png
选择好后点“save”
4）选择下载格式
image.png
image.png
可以通过预览看看格式和内容是不是你要的：
image.png
确定后点击“download”
至此人类所有蛋白序列下载完成。其实除了蛋白序列外能下载的注释信息还挺多，根据需要进行下载吧~
2，获取gene name、uniprotID、ensmbleID间对应关系
你关注的基因列表可能是gene name，可能是uniprotID，可能是ensmbleID。。。。那么接下来你可能需要获取ID间的对应关系或者进行ID转换。推荐一个在线转换ID的工具gprofiler。
工具地址：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
1）进入网页
image.png
键入基因列表，选择物种和目标数据库：
image.png
结果：
image.png
导出即可。
网友评论