DNA甲基化之 RnBeads

学习一下2019年刚发布在Genome Biology上的 RnBeads 2.0 软件，看看这玩意咋分析呀。

软件文献
RnBeads 2.0: comprehensive analysis of DNA methylation data
文献网址
文献网址
软件网址
https://rnbeads.org/

摘要

DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传标记，在发育和疾病中起着重要作用。高通量的样本检测使我们能够在大量样本中分析全基因组规模的DNA甲基化分析。这里，我们描述了一个新版本的RnBeads软件，一个R/Bioconductor 包实现了Infinium microarrays 和各种亚硫酸盐测序的从头到尾的分析。RnBeads 2.0 提供了一个额外的数据类型和分析方法，新功能可以解释DNA甲基化差异，提高易用性（通过一个图形界面），更好的利用计算资源。我们通过四个可重复运行的示例来演示RnBeads 2.0，重点关注细胞分化和癌症。

这个软件能干好多事啊，并且这篇文章里写了四个例子，后期把例子跑一下，估计就能搞定了，先记录一下。