MetaMLST

MetaMLST是一种用于从宏基因组数据中进行多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing, MLST)的工具。MLST是一种常用的细菌分型方法,通过比较多个保守的看家基因(housekeeping genes)的序列,来鉴定细菌的序列型(Sequence Type, ST)。MetaMLST允许直接从宏基因组数据中进行MLST分析,无需事先分离和培养细菌。

MetaMLST的主要功能和用法如下:

准备工作（Step 0）

克隆 MetaMLST 仓库（Step 1）

首先，需要从 GitHub 克隆 MetaMLST 仓库。这可以通过以下命令来完成：

git clone --recurse-submodules https://github.com/SegataLab/metamlst.git
cd metamlst

这将会创建一个名为 metamlst 的文件夹，并下载所有必要的子模块。

创建 Bowtie2 索引（Step 2）

接下来，通过默认的 MetaMLST 数据库创建 Bowtie2 索引，使用的命令如下：

metamlst-index.py -i bowtie_index

这里 bowtie_index 是你希望创建的索引名称。

映射 FASTQ 文件（Step 3）

使用上一步创建的索引来映射FASTQ 文件。这可以通过以下命令完成：

bowtie2 --very-sensitive-local -a --no-unal -x bowtie_index -U YOUR_READS.FASTQ | samtools view -bS - > YOUR_ALIGNMENTS.bam

将 YOUR_READS.FASTQ 替换成实际 FASTQ 文件名。这将生成一个名为 YOUR_ALIGNMENTS.bam 的 BAM 文件。

运行 MetaMLST（Step 4）

使用以下命令运行 MetaMLST：

metamlst.py YOUR_ALIGNMENTS.bam

将 YOUR_ALIGNMENTS.bam 替换成你的实际 BAM 文件名。结果将被保存在 ./out 文件夹中。如果有多个样本，需要对每个样本重复步骤 3 和 4。

合并 MetaMLST 结果（Step 5）

最后，使用以下命令合并所有通过 metamlst.py 生成的输出文件：

metamlst-merge.py ./out

合并后的结果将被保存在 ./out/merged 文件夹中。

以上步骤展示了如何使用 MetaMLST 工具来从宏基因组样本中进行 MLST 分析。

MetaMLST的优势在于可以直接从宏基因组数据中进行MLST分析,无需分离培养,适用于复杂的环境样本。但是,它的分析结果依赖于MLST数据库的完整性和准确性,对于一些新的或未知的菌种,可能无法给出准确的分型结果。