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SYST-1】 “我希望你们都在二叉树上挂得规规整整的”

SYST-1】 “我希望你们都在二叉树上挂得规规整整的”

作者: 芜穀杂粱 | 来源:发表于2019-10-17 07:35 被阅读0次

    一点栏目简介:

    万年拖更王又来开新坑了。这个大坑主题“活跃的绿色”,意思是介绍和植物相关的任何内容。其实我一直很想把我学到的所有植物相关的知识整合起来,好好复习一下,不过各种原因一直咕咕咕了。现在借着这学期学了植物系统分类学(Plant Systematics)的机会,为了做笔记复习,也为了在我对植物的认知中加入系统分类这一个传统又重要的缺失部分,我打算尽可能在这里以日更的方式记录下我学习的内容。选择这个平台是因为随时都能修改很方便,适合每日咸鱼一小段之后再修改。

    文字的形式实际上可能会比较随意,也不会看起来像是零门槛的科普(尽管我很像那样做),也许很多内容看起来都毫无逻辑。不过我希望能每隔一段时间把近期内容总结完善成一个逻辑完整的故事,方便自己复习的同时也算是在锻炼写作了。

    标题的SYST是systemics的首字母,带有这样题头的都是系统学的内容。SYST系列有一个酸气扑鼻的序,见这里:SYST-0】序:虚掩的门

    废话不多扯了,今日的百字内容奉上,祝食用愉快!

    2019年10月16日

    为什么学习系统分类学呢?什么是系统分类学?

    每一个学科都会有这样的古朴而本质的问题,可是一般这样的问题都很难回答。我只能说,生物研究最早脱胎于博物学,了解身边的形形色色的生物究竟是什么,实在是一个很本能的想法:不需要任何科学素养,知道一个事物是什么,怎么描述,这是认识事物最基本的要求。我们自然希望在与他人交流的过程中能够简单说出“我今天吃了菠菜”,而不是说“我今天吃了绿色的、长卵圆形的、地上长的、矮矮的、有一片片扁扁的结构、质地光滑柔软、煮之前脆脆的、煮熟之后软软的东西”。闲话就说到这。

    既然是植物系统分类学,首先要先知道什么是植物,其次了解什么叫系统分类(systemics)。有点了解的人可能还知道除了系统分类还有传统的分类,这俩有什么区别?为什么现在现代的观点要选择系统分类?系统分类如何使得分类学变成一门“有逻辑的科学”,而不是“捡破烂的收藏家”(这是我在网上看到有人自嘲的说法,说以往的分类学基本没有什么科学严谨的逻辑,只是单出的细致和枯燥的描述)?这些都是很综合的问题,难以在一开始就给出答案。所以先讲一些简单的事情。

    现代的分类学和生物演化密不可分,因为描述一个“类群”的规则基于演化的关系上(插一句,实际上evolution一个常见但是有误导性的翻译是“进化”而不是“演化”,所以这里都用演化)。想要定义植物,要先知道生物学家怎么定义一个“类群”。类似数学里集合的观点,生物从最开始的一个单细胞开始历经这么多年的变化,演变出了各种各样的类群,我们希望用一个概念来表示不同生物之间的远近关系,所以在物种这个客观实在之上,有更高级的分类阶级,由小到大,依次是种(species)属(genus-genera)科(family)目(order)纲(class)门(phylum/ division)界(kingdom)域(domain)。

    这些不同阶层的定义有一个现在看起来很直观的想法,就是:这个集合中所有的元素都要是“单系起源的(monophyletic)”。所谓单系起源,就是说这个类群中包含的所有个体,必须都是同一个祖先演化的,而且包含这个祖先演化的所有后代(这里的定义方式类似数学里的“有且仅有”)。换言之,这个类群中所有个体必须都来自唯一一个祖先,不可以有其他祖先的掺和进来(不是一家人,不进一家门);而且必须所有的后代都要囊括进来(一家人就要齐齐整整)。这就是一个画家谱的过程,不放外人入门,不丢一个家人。思想很简单,不过实际操作起来难度不小。可以说这个重要的思想改变了整个分类系统的研究标准,也因此出现了一些爱好者可能听说过的事情,比如新的分子系统如何把传统的各个分类体系重整的亲妈都不认识了,为什么那些不守规矩的杂交种让分类学家想要提刀自刎。

    这都是之后的故事了。

    TBC...


    参考资料:Plant Systematics (2nd Edition) by Michael Simpson ISBN: 978-0-12-374380-0

    问题记录:

    1. 单系起源如何解决远缘杂交形成的种?比如COM类群

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